A történészek a tizenháromén kívül még három aradi vértanú nevét tartják nyilván, ugyanis 1849 októberében Aradon kivégezték Kazinczy Lajos és Ormai (Auffenberg) Norbert ezredeseket, valamint Ludwig Hauk alezredest is. A honvéd törzstisztek és tábornokok közül a szabadságharc leverése után kivégezték még Peter Giron alezredest, Murmann Sámuel aradi nemzetőr őrnagyot, Tamás Andrást, Csíkszék nemzetőrparancsnokát és Mieczyslaw Woronieckit, a lengyel ulánusezred alezredesét. Mednyánszky László és Vitalis Söll őrnagyokon még a szabadságharc alatt hajtottak végre halálos ítéletet.
„A Habsburg-hatalom a magyar honvédsereget nem ismerte el hadviselő félnek. Nem úgy tekintette, hogy két különálló ország háborújáról van szó, hanem a magyar forradalmat és szabadságharcot lázadásnak vette, és ennek következtében az érvényben lévő haditörvények és a kiadott utasítások alapján vonták felelősségre a résztvevőket” – magyarázta Bona Gábor. A felelősségre vonandók köre nagyon széles volt, beletartoztak a forradalmi kormány tagjai, az országos honvédelmi bizottmány tagjai, valamennyi országgyűlési képviselő és kormánybiztos, főispán, alispán és azok a volt császári tisztek, akik a honvédseregben szolgálatot vállaltak. Ők hadbíróság elé kerültek. A szabadságharc legutolsó időszakában és leverése után pár hónapig rögtönítélő bíróságok működtek, ezenkívül úgynevezett igazoló-, vizsgálóbizottságok alakultak és ítélkeztek. A rögtönítélő bíróságoknak az volt a feladatuk, hogy olyan esetekben intézkedjenek, amelyek nem tűrtek halasztást. Így például olyan elfogott felkelők ellen hozhattak ítéletet, akik császári csapatokat támadtak meg, vagy császári katonákat öltek meg. A vizsgáló- és igazolóbizottságok hatásköre pedig valamennyi állami és egyházi hivatalnokra kiterjedt. Ez azt jelenti, hogy csak 1853-ra zárultak le a vizsgálatok, hiszen több tízezer ügyet tárgyaltak. Természetesen a rögtönítélő és a hadbíróságok voltak a legszigorúbb testületek. Ezek a magyar forradalom és szabadságharcban való részvétel miatt hat-hétszáz embert ítéltek halálra, akik közül végül százhúszat végeztek ki. A halálraítéltek többsége azért kapott kegyelmet, mert az aradi tizenhármak kivégzése nagy nemzetközi tiltakozást váltott ki, így felfüggesztették a további halálos ítéletek végrehajtását.
A hadsereg középső vezető gárdájának a halálos ítéletét 16–20 év várfogságra változtatták. A kivégzéseknek elsősorban megtorlás, elrettentés volt a céljuk, ezt bizonyítja az is, hogy nemcsak katonai vezetőket ítéltek halálra, hanem parasztokat, plébánosokat, tehát civileket is.
Ezerkétszáz emberre róttak ki hosszabb-rövidebb ideig tartó börtönbüntetést. Ötvenezer volt honvédet besoroztak közlegénynek a császári hadseregbe. A politikusok, a forradalom eszmei irányítói kevésbé súlyos büntetést kaptak, mint azok, akik fegyverrel harcoltak. A forradalmárokat esküszegésért, fegyveres lázadásban való részvételért és felségsértésért ítélték el. Aki több pontban volt érintett, az hosszabb fogságra számíthatott, vasban, esetleg sáncban letöltendő büntetést kapott. Ez utóbbi kényszermunkát jelentett.
Az 1850-es évek közepétől sokat javultak a fogva tartás körülményei. Napközben kiengedték a foglyokat a cellájukból, átmehettek egymáshoz. Ha volt pénzük, ennivalót, újságot hozathattak maguknak. Különös kegyként olykor a feleségüket is beengedték hozzájuk, született olyan gyermek, aki ilyen látogatás során fogant meg.
Az igazsághoz hozzátartozik az is, hogy az elítélteknek nem kellett letölteniük a kiszabott börtönbüntetést, hiszen mindnyájan amnesztiát kaptak. Elsőként azok a volt császári tisztek szabadultak, akik nem közvetlenül a császári hadseregből álltak át a magyar oldalra, hanem korábban kiléptek. 1854-ben Ferenc József császár esküvője, 1857-ben első gyermekének születése alkalmából hirdettek amnesztiát. 1859-ben az utolsó szabadságharcos is kiszabadult.
Fegyveresek mészároltak le több tucat embert Haitin
