Teljesen automata üzemmódban is vezethető a 12Cilindri Manuale, a Ferrari arra számít, hogy sok tulajdonos ezt használja majd dugóban araszolva vagy nagy sebességnél az autópályán, mivel a hetedik és a nyolcadik fokozat is csak ebben érhető el (a kulisszán csak hat előremeneti fokozatnak volt hely). A gyár által megadott 2,9 másodperces 0-100 km/h-s gyorsulási időt is csak automata üzemmódban lehet reprodukálni, mégpedig rajtautomatika segítségével.
A manuális üzemmód 100 km/h alatt egyszerűen a kuplung lenyomásával és fokozatválasztással aktiválható. A kuplungpedál élethű működése görgők, himbák és csapágyak bonyolult sorozatának eredménye, amelyek egy erős rugóval működnek. Ez a mechanizmus határozza meg a pedálműködés érzetét, ezért a fejlesztésnél kiemelt figyelmet fordított rá a Ferrari. Bár a kiszállítások csak 2027 elején kezdődnek, a Ferrari szerint hogy a Manuale gyakorlatilag már előzetesen elfogyott.
