Afrikában a koronavírus elsőként Egyiptomban jelent meg még február közepén, de azóta szinte az összes államba eljutott. Furcsa módon a kiterjedt kínai gazdasági jelenlét ellenére jellemzően európaiak hurcolták be a kórokozót. Ránézve a járványt követő világtérképre, feltűnő, hogy a földrészen mégis viszonylag alacsony a fertőzöttek száma. A fekete kontinensen a három leginkább érintett ország lapzártánkkor Egyiptom 327, Dél-Afrika 274, és Algéria 201 esettel.
Arról egyelőre megoszlik a szakemberek véleménye, hogy mi állhat a kedvező statisztikák mögött. Közkeletű vélekedés, hogy a meleg időjárás nem kedvez a kór terjedésének. Általánosságban valóban elmondható, hogy alacsonyabb hőmérsékleten stabilabbak a vírusok, valamint a száraz levegőben a kórokozót hordozó cseppecskék is tovább megmaradnak. Tudományosan azonban egyelőre nem bizonyított, hogy a mostani SARS-CoV–2 vírus is érzékeny lenne a melegre, 2012-ben pedig a közel-keleti légúti koronavírus (MERS) már bizonyította, hogy vannak olyan koronavírusok, melyeknek nem árt a hőség.
További magyarázat lehet, hogy Afrikába némi késéssel érkezett meg a járvány, így a neheze még csak most következik. Borúlátóbb meglátások szerint azonban a kórokozó már nagyon is elterjedt, csupán nem tudják vagy akarják kimutatni. Számos országban a megfelelő laboratóriumok, tesztek sem állnak ehhez rendelkezésre, vagy csak a fővárosokban elérhetőek. Ezen kívül alapból nehezebben fordulnak az emberek orvoshoz, miközben a kontinens egy részén egyébként is influenza-járvány tombol. Gyanút ébreszthet, hogy például a háború dúlta Líbiában, vagy a polgárháborús Dél-Szudánban sem regisztráltak még megbetegedést; valószínűbb, hogy működő kormányzat híján egyszerűen nem tudnak a fertőzésekről. Egyes szakemberek arra is figyelmeztettek, hogy néhol a hatalom megpróbálhatja eltussolni a valódi számokat. Derűlátásra adhat ugyanakkor okot, hogy az afrikai népesség rendkívül fiatal, ráadásul alapvetően sokkal nagyobb higiéniás stressznek vannak kitéve, így ellenállóbbak lehetnek.