Az egyház kétezer éves történetében sok példa volt hosszú ideig tartó járványokra, karanténokra, korlátozásokra. A középkorban és a kora újkorban menetrendszerűen tért vissza a pestis, majd a kolera, himlő és egyéb, sokszor mind a mai napig biztosan nem beazonosítható betegség. Ezek a ragályos kórságok, más fertőzésekkel együtt, a nyugati egyházban jelentős, évszázadokig ható változásokat is hoztak.
A XII. századra azért szűnt meg a két szín alatt való áldozás gyakorlata, mert járvány idején a szertartáson részt vevő hívek a fertőzésveszély miatt nem szívesen ittak egymás után közös kehelyből. Nem valamiféle központi rendelkezés miatt, csupán a megfertőződés miatti félelem következtében. A szokást végül törvénybe iktatták, megtiltva a laikus híveknek a két szín alatt való áldozást. Ez a gyakorlat a papság és a hívek közötti szakadékot is mélyítette, s nem csupán időleges járványügyi attitűddé vált.
A calixtinusok, vagyis a kelyhesek mozgalma részben a két szín alatt való áldozás gyakorlatának visszahozatala miatt szerveződött, ám a törekvés követői a huszitizmus egyik ágaként a nyugati egyházszakadás előcsapatává váltak. A kelyhesek értelmezése szerint nem közvetlenül a járványok miatt maradt el a Szent Vér, vagyis az átváltoztatott bor vételének lehetősége, hanem a világ és főként az egyház romlottsága okán. Amely korrupció persze számtalan magyarázat szerint a járványok kiváltója is volt. Valószínűleg napjainkban kevés teológus gondolja úgy, hogy a protestantizmus nem kizárólag teológiai nézetkülönbségek következménye, hanem pandémiás szokásoké, amelyek az Európán újra meg újra végigsöprő ragályok következményei. Ám a két szín alatt való áldozás megszűnésének biztosan szerepe volt a folyamatban.
A XIV. század pestisjárványainak áldozatul esett a földrész lakosságának kétötöde. Az egyház életében ehhez a nagy pusztuláshoz kapcsolódóan egy alulról szerveződő, sajátos bűnbánati törekvés terjedt el: ez volt a flagellánsok mozgalma. Az önkínzók csoportjai településről településre haladtak, szigorú böjtöt tartottak, és véresre ostorozták magukat és egymást. Mivel a flagellánsok tevékenységéhez mindenféle visszaélés és babona kötődött, VI. Kelemen pápa 1349-ben betiltotta a bűnbánattartás e bizarr formáját. Ebből a pandémiás szokásból nem lett maradandó változás az egyház életében.