Az előző körökhöz hasonlóan ezúttal is bajnoki és nem bajnoki ágra osztották a résztvevőket az Európa-ligában is: előbbinél három, utóbbinál nyolc csoportot alakítottak ki, kiemeltekkel és nem kiemeltekkel. A magyar érdekeltségű csapatok közül a Bp. Honvéd a 2. fordulóbeli ellenfelének, a svéd Malmőnek köszönhetően szerepelt a kiemeltek között, ám a 3. fordulóhoz még túl kell jutnia a svéd együttesen szeptember 17-én, mint ahogyan ugyanazon a napon a Mol Fehérvárnak is tovább kell jutnia a máltai Hibernians ellen.
A még érdekelt két magyar együttes, a Bp. Honvéd és a Mol Fehérvár a nem bajnoki ágon szerepel. Az 1. csoportban a kiemelt párosítások, illetve csapatok ezek voltak: Bp. Honvéd/Malmö (svéd), Sporting CP (portugál), PSV Eindhoven (holland). A nem kiemeltek: Nomme Kalju (észt)/Aarhus GF (dán)/NK Mura (szlovén), Viking FK Stavanger (norvég)/Aberdeen FC (skót), NK Lokomotiva Zagreb (horvát). A 3. csoport kiemeltjei: Teuta Durrës (albán)/Granada CF (spanyol), HNK Rijeka (horvát), Servette FC (svájci)/Stade de Reims (francia), a nem kiemeltek pedig: Hibernians FC (máltai)/Mol Fehérvár FC, Lokomotivi Tbiliszi (grúz)/Dinamo Moszkva (orosz).
A sorsolás eredményeképpen először az dőlt el, hogy a Mol Fehérvár a máltai sikere esetén a Servette FC (svájci)/Stade de Reims (francia) párharc győztesével játszik a főtábláért, a Bp. Honvéd pedig a horvát NK Lokomotiva Zagreb ellen teheti meg, ha előtte kiejti a Malmőt, mindkét magyar együttes hazai pályán szerepel majd. Ez azt jelenti, hogy miután a Ferencváros a Bajnokok Ligája selejtezőinek a 3. fordulójában a Dinamo Zagrebbel játszik, előfordulhat, hogy a másik zágrábi csapat is Budapestre utazik.
A harmadik selejtezőkör mérkőzéseit szeptember 24-én, csütörtökön játsszák. Döntetlen esetén hosszabbítás, majd tizenegyespárbaj dönt a továbbjutóról. A győztesek a play-offba kerülnek, ahol szintén egy meccsen dől el, ki jut be a csoportkörbe.
