A testület alkotmányos követelményként állapította meg, hogy az államnak a vallási csoportok önálló működését lehetővé tevő sajátos egyházi jogállás megszerzését a vallásszabadsághoz való joghoz igazodó, tárgyilagos és ésszerű feltételek alapján, tisztességes eljárásban, jogorvoslati lehetőség mellett kell biztosítania. Az Ab szerint nem alkotmányos elvárás, hogy minden egyház azonos jogosultságokkal rendelkezzen, minden egyházzal ugyanolyan mértékben működjön együtt az állam. A vallásszabadsághoz való joggal összefüggő gyakorlati különbségek alkotmányos határok között maradnak mindaddig, amíg nem diszkriminatív jogi szabályozásból erednek, illetve amíg nem diszkriminatív gyakorlat eredményei.
Megfelelő jogszabályalkotással orvosolni fogjuk az eljárásjogi hiányosságokat az egyházak elismerése terén – mondta Hölvényi György. Az Emmi egyházi, nemzetiségi és civil társadalmi kapcsolatokért felelős államtitkára hangsúlyozta: a törvényt tartalmilag messzemenően alkotmányosnak találta az Ab, amely „határozatában nem tartalmi, hanem fontos, technikai jellegű kérdéseket vetett fel”.
Rogán Antal szerint a parlament előtt fekvő alkotmánymódosítás elfogadása megoldja majd a problémát, „bizniszegyházakat” pedig továbbra sem fognak támogatni. A KDNP attól tart, hogy teljes jogbizonytalanságot hoz az Ab-döntés.
Az Alkotmánybíróság nem vitatja az Országgyűlés jogát arra, hogy tovább részletezze az egyházként való elismerés tartalmi feltételeit, további garanciákat építsen be az elismerési eljárásba, illetve hatékonyabb jogi eszközöket biztosítson a törvénysértésekkel szemben, ha a korábbi törvényben szabályozott eljárás nem bizonyult elég hatékonynak a nem vallási tevékenységet végző szervezetek kiszűrésére, illetve a törvénysértően működő szervezetek elleni fellépésre.
Az Ab-hoz a törvény miatt alkotmányjogi panaszt nyújtott be tizenhét olyan vallási közösség, amely korábban egyházként működött, de a törvény alapján elveszítette az egyházi jogállást; Szabó Máté, az alapvető jogok biztosa pedig utólagos normakontrollt kért a testülettől.