Apja, gróf Széchényi Ferenc, az ország modernizálásának fontos egyénisége, kezdetben II. József követője volt, de később szembefordult a meg nem koronázott uralkodóval, mert nem értett egyet annak abszolutisztikus módszereivel. Anyja, Festetics Julianna grófnő annak a Festetics Györgynek a testvére, aki az országgyűlésen a magyar katonaság magyar nyelvhasználatáért lépett fel, ami miatt végül távozott is a hadseregből, majd 1797-ben Keszthelyen Georgikon néven gazdasági iskolát alapított.
Az ifjú gróf családi háttere alapozta meg nemzeti gondolkodásmódját és hazafiságát. Habár gyerekkorát többnyire német nyelvű közegben töltötte, magyarul is megtanult.
Iskoláit kevéssel 17. születésnapja után fejezte be, 1808. november 8-án kelt bizonyítványa feljogosította egyetemi tanulmányai elkezdésére. A történelem azonban más irányt szabott az életének, mivel elhatározta, hogy katonai pályára lép. Az ambiciózus fiatalember magas tábornoki karrierről és hadvezéri nagyságról álmodott. Apja befolyását latba vetve elérte, hogy neki és Pál bátyjának Gomez altábornagy, a bécsi Hadilevéltár igazgatója egy külön tanfolyamot tartson a hadiszolgálatról. Miután ezt a következő év tavaszára sikeresen teljesítették, felvételt nyerhettek a hadseregbe. Az apa először József nádorhoz fordult, hogy két fiát vegye be a nemesi felkelés táborkarába, de a nádor elutasította a kérést, mivel nem tartotta elég képzettnek a két ifjút.
Ferenc gróf azonban nem tántorodott el a szándékától. Ezúttal Gomez altábornagyhoz fordult, aki időközben a magyar nemesi felkelés táborkari főnöke lett. Károly főherceg generalisszimusz engedélyével végül is a két ifjú főhadnagyi rangban bekerült a nemesi felkelés táborkarába.
A hadiesemények 1809 áprilisában kezdődtek. József nádor parancsot adott Gomeznek, hogy a csapatokat Győr környékére vezényelje, egyben a Duna és a Rába nyugati szegletében egy sáncokkal védett tábort állítson fel. Az építkezést Gomez altábornagy Ertel alezredesre bízta és beosztotta hozzá István grófot szolgálattételre. Az ifjú főhadnagy április végétől egészen a győri csatáig a sánctábor építésén dolgozott. Parancsnoka a gazdasági ügyek intézését bízta rá, ami rendkívül sok munkával járt és komoly megterhelést jelentett.