Június végétől meghatározó a kommün későbbi sorsára nézve, hogy a vezetőség – az antant felszólításának eleget téve – parancsot ad a Felvidék felszabadított területeiről a visszavonulásra. Stromfeld Aurél, a hadsereg vezérkari főnöke július elsején lemond emiatt, helyére július harmadikán Julier Ferencet nevezik ki. Mindezek nyomán folytatódik a Vörös Hadsereg bomlása, hisz a vérrel visszafoglalt területek önkéntes feladása mindig demoralizálja a hadseregeket.
A lakosság ellen továbbra is kíméletlenül járnak el. Ráckevén elfogják az ellenforradalmi lázadás vádjával keresett Paulheim Elek huszár főhadnagyot, Dékány Benedek csendőr tiszthelyettest és Szűcs István parasztgazdát, akiket minden bizonyíték nélkül halálra ítél a statáriális forradalmi törvényszék, majd kivégzik őket. Bogyiszlón dr. Baranyai László községi orvos, volt hadnagy honvédelmi szervező tevékenységét nem nézik jó szemmel a kommün hatóságai, míg Faddon Vass József földműves, volt pénzügyőr hasonló ellenforradalmi ténykedése ellen lépnek föl. Mindkettejüket tárgyalás nélkül ítélik halálra, semmilyen írást nem készítenek az ítéletről, s még aznap agyonlövik őket a tolnai Petőfi-laktanya udvarán.
Július 3-án Domonkos Gáspárt Szobon pusztán ellenforradalminak minősített kijelentései miatt rohanják meg, verik agyon, illetve lövik le a vöröskatonák és a csőcselék. A Komárom megyei Császáron szintén lázad a lakosság, miután az a hamis hír terjedt el, hogy a tanácskormány megbukott. A vádbiztos azt mondja, Korvin Ottótól konkrét utasítása van, hogy a papokat okvetlenül fel kell akasztani, ezért az idős Wohlmuth Ferencet halálra ítéli. Bár tudtára adják a plébánosnak, hogy ha kellő megbánást tanúsít, megkegyelmeznek neki, ő nem kér kegyelmet, és oly emelkedett szellemű, a régi rend melletti búcsúbeszédet mond, hogy rögtön végrehajtják a halálos ítéletet. Holttestét durván tréfálkozva lóbálják a kötélen, s nem engedik eltemetni, csak később. Az általa nevelt árva kislányra hagyott pénzét elveszik és értéktelen hivatalos fehér pénzre cserélik.