Az Antall–Boross-kormány 1993-ban szánta rá magát arra, hogy változtasson ezen az áldatlan állapoton. A legkitűnőbb megoldást kínálta a Ludovika Akadémia patinás palotája és a hozzá tartozó romos lovarda. A meglévő épületekhez a tervező, Mányi István stílusban, térkihasználásban tökéletesen illeszkedő új megoldásokat álmodott meg. Idézve Mányi István építészt is, bizonyos értelemben igen jó, hogy az építkezés nem a pártállmiság esztendeiben valósult meg. Húsz évvel ezelőtt, a kor jellegzetes stílusát és szemléletmódját ismerve, esetleg az Orczy-kert kellős közepébe ékeltek volna valamiféle otromba betonszörnyet. Mányi Istvánnak és az épületszerkezetet megvalósító Németh Gézának már megadatott az öröm, hogy nem kellett tönkretenniük a Füvészkertnek, az Orczy-kertnek és Pollack Mihály építészeti remekművének ragyogó harmóniáját. A lovardát és az egykori akadémiát összekötő épületegyüttes nagy része az udvar alá kerül.
A nagy ívű program megvalósítására négyütemű terv készült. Az első fázis 1966-ban zárult. Ebben a szakaszban megújult a lovarda, ahol az állandó és időszakos kiállítások mellett a múzeum közművelődési osztálya kapott helyett. Ebben az időszakban költözött át a Nemzeti Múzeumból a Ludovíceumba az ásvány- és kőzettár. A második ütem 1999 áprilisában fejeződött be. Ekkorra megtörtént a Ludovíceum tetőterének teljes rekonstrukciója. Ebben a múzeumi célokra is alkalmassá tett térben kapott helyet az embertani tár és az állattár emlősöket, madarakat befogadó része. A kreatív építész számára a legnagyobb megmérettetést a rekonstrukció harmadik fázisa jelentette. A közönség fogadására és ellátására, az állandó kiállítások előkészítésére, a gyűjteményraktározási és a könyvtári feladatokra szánt épületek, az állattár, a növénytár az őslénytár gyűjteményei, valamint a könyvtár állománya mind a föld alá került. 2002. február 13-án, a Magyar Természettudományi Múzeum kétszázadik évfordulóján már megcsodálhattuk az udvar, valamint a főépület és a lovarda közötti terület alatti, szerkezetkész épületet. Az engedélyeztetési terv szerint a föld alatt kell biztosítani a gépkocsik tárolóhelyét is.
Az építkezés első három fázisa immár befejeződött. A lenyűgöző végeredmény a Mányi Építész Stúdió, a Kreatív 2000. Kft., a KÉSZ Kft. és a Hírös Kft. munkáját dicséri. A tizenhét méternyi mélységbe nyúló, szintenként 4500 négyzetméternyi alapterületű épületrész létrehozása a talajviszonyok miatt is különleges feladatnak számított. Már most látható, hogy a csodálatos együttes, a régi és az új szegmensek tökéletes harmóniájával, Budapest egyik legizgalmasabb épületévé válik. A negyedik ütem fináléja után mintegy tízezer négyzetméternyi, múzeumi hasznosításra alkalmas tér áll majd a muzeológusok és a nagyközönség rendelkezésére.
A tradíciók és a korszerűség tökéletes egységének jegyében létrejött mű méltó lesz Európa egyik leggazdagabb természettudományos gyűjteményéhez. A rekonstrukció már befejeződött volna, ha a kormánynak nem kellett volna anyagi és szellemi kapacitásait az árvíz sújtotta magyar tartományok újjáteremtésére mozgósítani – tette hozzá az elhangzottakhoz Ecsedy István, a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériumának közgyűjteményi és közművelődési helyettes államtitkára. A munkálatok így is befejeződnek legkésőbb 2004 elejéig.
Az első három ütem több mint hétmilliárd forintba került. S bár a sajtó nagy része erről hallgat, a Nemzeti Múzeum, a vidéki múzeumi programok, a fővárosi és a vidéki könyvtárfelújítások számadatai egyértelműen bizonyítják: Magyarországon az utóbbi ötven esztendőben talán összesen nem épült újjá annyi múzeum, könyvtár és iskola, mint az utóbbi négy évben.
Deák Dániel szerint látványosan Magyar Péter megrendelése a mai Medián-kutatás is