A Kormányzati Ellenőrzési Hivatal (Kehi) Navracsics Tibor közigazgatási és igazságügyi miniszter utasítása alapján folytatott rendkívüli ellenőrzést 2007. június 1-jéig visszamenőleg az Opera működésének tárgyában az utóbbi időben. A lap információi szerint a vizsgálat során tett megállapítások alapján több olyan tényállást is feltártak az ellenőrök, amelyekkel összefüggésben büntetőfeljelentés született. Azt is megállapították, hogy a legnagyobb összegű vagyoni hátrányt okozó szerződéseket Vass Lajos, az Opera korábbi főigazgatója, illetve Szabó Attila egykori gazdasági igazgató írta alá.
A 2010-es kormányváltás utáni hónapokban az Operát felügyelő Nemzeti Erőforrás Minisztérium (Nefmi) kezdeményezte az intézmény gazdasági–pénzügyi működésének átvilágítását. Ennek eredményeképpen Réthelyi Miklós – azóta távozott – tárcavezető október végén azonnali hatállyal visszavonta az Opera főigazgatója, Vass Lajos, valamint a gazdasági igazgató, Szabó Attila megbízatását.
Az intézményt 2011 óta irányító Ókovács Szilveszter kormánybiztosi megbízatása augusztus 31-én megszűnik. Ezt követően a kabinet közvetlen irányítása alól a kultúrát is felügyelő Emberi Erőforrások Minisztériumához, a Nefmi utódjához kerül az Opera vezetése, amelyben – a tárca korábbi tájékoztatása szerint – Ókovács továbbra is fontos szerepet kap majd.
Ezek között szerepelt például az a 2009-es kontraktus, amely a Budapesti Operabál megrendezéséhez szükséges díszletpark megvásárlásáról szólt. A 180 millió forint plusz áfa összegű vételárat tartalmazó dokumentum aláírása előtt nem készült értékbecslés, a Kehi szakemberei szerint viszont a megvásárolt díszletek a valóságban alig több mint 30 milliót érhettek. További szerződések alapján úgy fizettek ki két év alatt 167 millió forintot a Budapesti Operabarát Alapítványnak (BOA), hogy – a Kehi rendelkezésére álló adatok szerint – nem volt mögötte tényleges teljesítés. A BOA az előadások műszaki feladatainak ellátására kötött szerződést az Operával, de összesen 138 millió forint értékben továbbszerződött más cégekkel, így az alapítvány gyakorlatilag munkavégzés nélkül jutott 29 millió forinthoz – derül ki a Kehi jelentéséből. Ráadásul egyik érintett sem tudta dokumentumokkal igazolni a feladatok elvégzését, az ellenőrök pedig arra a megállapításra jutottak, hogy a szerződésekben foglalt műszaki feladatokat valójában az Opera alkalmazottai látták el.
A feljelentésben szereplő tényállások között van olyan is, amely a jogi tevékenység kiszervezésével kapcsolatos visszásságok gyanúját veti fel. A Kehi vizsgálata szerint az Opera jogi irodáját 2008. július 31-én megszüntették, majd egy nappal később egy olyan ügyvédi irodával szerződtek a jogi feladatok ellátására, amelynek nevében ugyanaz a személy – az Opera ugyanazon helyiségében – járt el ügyvédként, aki korábban közalkalmazottként az intézmény vezető jogtanácsosa volt. A kiszervezéssel csaknem 24 millió forint vagyoni hátrány érte az operaházat: a vizsgálat megállapításai szerint míg a jogi iroda fenntartása 2008. augusztus 1-je és 2010. december 31-e között 40 millió forintba került volna, addig az ügyvédi irodának kifizetett megbízási díjak összege ugyanezen időszakban csaknem 64 millió forint volt.