1991–1997 között a Magyarországi Református Egyház Zsinatának lelkészi elnöki tisztét töltötte be, 1991 és 2002 között a Dunamelléki Református Egyházkerület püspöke volt. 1996-tól 2004-ig volt a budapesti Kálvin téri Református Egyházközség lelkésze, 1995-ben megválasztották a Magyar Református Egyházak Tanácskozó Zsinatának ügyvezető elnökének. 1991-ben a Magyar Reformátusok Világszövetségének tiszteletbeli elnökévé választották, 1998-ban lett a Magyar Út Körök tiszteletbeli elnöke.
Hegedűs Lorántnak döntő szerepe van abban, hogy 1993 őszén a magyar reformátusság több évszázados álma válhatott végre valóra: megalakult az első magyar református egyetem, a Károli Gáspár Református Egyetem. Ennek alapítását az ő döntésre szólító szavára fogadta el az ellenkezések közt élő zsinat s közbenjárására a parlament.
A kommunista rezsim összeomlásának küszöbén Hegedűs Loránt nagy hatású tanulmánya („Míg tart a ma ”) a teológiai tisztánlátás igényével szólt a társadalomban és az egyházban szükségszerű megújulásról és folyamatosságról.
Oszlopos szerepe volt a református egyház megújulásának elindításában, az egyház demokratizálódásában, szervezeti átalakításában, pontosabban a presbiter-zsinati elvekhez való visszaalakításában-reformációjában. Irányítása alatt kezdődött meg az új törvénykönyv kidolgozása, a református egyház ősi iskoláinak visszaszerzése és beindítása, a külkapcsolatok és egyéb ökumenikus kapcsolatok átértékelése és új alapokra helyezése, a kommunista ideológiát magán hordozó KBK-ból való kilépés, a református egyház társadalmi-közéleti szerepének kiépítése az új politikai viszonyok közepette.
