Tíznaposan vált uralkodóvá, rövid élet adatott meg neki, mégis az első európai fejedelmek közé tartozott, aki meg tudta oldani a reformációból fakadó konfliktusokat, hitvallások közötti békét hozva országába: 450 esztendeje hunyt el János Zsigmond, az első erdélyi fejedelem.
Tizenkét zűrzavaros esztendő telt el Mohács óta, amikor 1538-ban a Magyarországért viaskodó Szapolyai János és Habsburg Ferdinánd megállapodást kötött egymással. Az 1538-as váradi egyezség alapján I. János és I. Ferdinánd is elismerték egymás jogát a trónra, és megtartották a pillanatnyilag kezükben lévő területet, ugyanakkor a megállapodás azt a kitételt is tartalmazta, hogy János király halála után az ország Ferdinánd alatt egyesül majd.
A béke meg akarta szüntetni a kettős királyválasztás káros következményeit, ez a birtokosok megosztottságán azonban semmit sem változtatott, hiszen a királyok hívei így is állandóan cserélődtek.
A váradi béke természetesen sértette a Porta érdekeit, így rendkívüli fontosságú volt, hogy a híre ne jusson el Isztambulba: a szultán figyelmének elterelésére egy egyéves fegyverszünetet is aláírtak. A félelem jogosnak bizonyult, hiszen a Porta már csak a fegyverszünet miatt is neheztelésének adott hangot.
Az események menetében az hozott változást, hogy Szapolyai 1539-ben elvette feleségül a lengyel király lányát, Izabellát. Szapolyai 1540 márciusában Váradra indult, rövidesen azonban szélütést kapott. Arról még értesült, hogy július 7-én fia született, így a tíz napra rá bekövetkező halála előtt megeskette a híveit a váradi béke felrúgására, és fia trónutódlásának az elismerésére.
Ferdinánd rövidesen bejelentette a Szapolyai által uralt területekre az igényét, ezzel párhuzamosan azonban Szapolyai hívei is megérkeztek Isztambulba, hogy a csecsemő János Zsigmond számára kérjék Szulejmán pártfogását.
Magyarország választott királya
János Zsigmondot apja hívei Rákos mezején kiáltották ki királlyá, de a koronázására nem került sor, így a „Magyarország választott királya” címet viselte. A gyermek helyett anyja, az idegen, magyar viszonyokat nemigen ismerő, rendkívül szeszélyes Izabella királyné és a céltudatos „ördöngös barát”, Fráter György intézték az ország ügyeit.