A Helsinki Bizottság – és más jogvédők is – már a kezdetektől, 2015-től támadták a tranzitzónákat, mivel azok akadályozták a menedékkérők szabad mozgását. A Helsinki Bizottság először az EJEB-hez fordult: az Ilias és Ahmed kontra Magyarország ügyben 2019. november 21-én született jogerős ítélet. A Helsinki Bizottság által képviselt két bangladesi menedékkérelmük elfogadhatatlanná nyilvánítását követő kitoloncolásuk miatt benyújtott kérelme alapján az EJEB megállapította, hogy a tranzitzónában való tartózkodásra kötelezés nem fogva tartás ugyan, de vizsgálni kell, hogy mi történhet a menedékkérőkkel kiutasításukat követően. A végleges döntés szerint tehát a tranzitzónákból nem lehet az elutasított kérelemmel rendelkező személyeket Szerbia felé eltávolítani, csak ha igazolható, hogy Szerbiában nem fenyegeti őket semmilyen veszély. A Helsinki Bizottság azonban már nem bízta a véletlenre a kérdést, és az EUB-nél is eljárást kezdeményeztek az ügyfeleik által indított közigazgatási perekben.
2020-ban az EUB a járvány idején, gyors egymásutánban három olyan döntést is hozott, amelyben egyértelművé tette, hogy Magyarország nem védheti meg magát a migránsok befogadását célzó akarattal szemben. 2020. március 19-én az LH kontra Bevándorlási és Menekültügyi Hivatal ügyben hozott döntésében az EUB egy kurd származású szír állampolgár elutasított menedékkérelmével kapcsolatban kimondta: nem utasítható el a menedékkérelem elfogadhatatlanság miatt azért, mert a kérelmező olyan államon keresztül érkezett az érintett tagállam területére, amelyben nincs kitéve üldözésnek vagy súlyos sérelem veszélyének, vagy amelyben biztosított a megfelelő szintű védelem. A menedékjog iránti kérelmet tehát érdemben kell elbírálni, akkor is, ha a szomszédos ország biztonságos ország státuszából más következne.
Az Európai Bizottság kontra Lengyel Köztársaság és társai ügyben 2020. április 2-án közzétett döntésében az EUB kimondta, hogy Lengyelország, Magyarország és Csehország a migránsok áthelyezésére szolgáló határozatnak való megfelelés megtagadásával kötelezettséget szegett, hazánk már 2015. december 25. óta nem tett eleget a kötelezettségeinek, vagyis Magyarországnak be kellett volna fogadnia a migránsokat. Végül az FMS és társai kontra Országos Idegenrendészeti Főigazgatóság Dél-alföldi Regionális Igazgatóság ügyben 2020. május 14-én hozott döntésében az EUB FMS és FNZ afgán állampolgárok tranzitzónai tartózkodásával kapcsolatban arra a következtetésre jutott, hogy a menedékkérők tranzitzónában való elhelyezése, valamint a harmadik országbeli állampolgárok zárt területű tranzitzónában való folyamatos tartózkodásra kötelezése is őrizetnek minősül. A menedékkérők négy hetet meghaladó, tranzitzónában fenntartott őrizete jogellenes, a kiutasítási határozat hatálya alatt álló harmadik országbeli állampolgár őrizete pedig nem haladhatja meg a 18 hónapot. Sem a menedékkérők, sem a kiutasításra váró személyek nem tartózkodhatnak tehát hosszabb ideig a tranzitzónában, vagyis be kell őket engedni az ország területére. Az EUB lényegében kimondta: aki magyar területre lép, és a menedékkérelméről szóló eljárásban nem születik döntés egy hónapon belül, az mehet, amerre lát, ha pedig valamilyen különös okból történt üldözésre hivatkozik, akkor pedig rögtön szabadon kell bocsátani.
