1848-ban a székesfehérvári püspöki palota udvarán, a korábbi Nagyboldogasszony-bazilika területén végzett vízvezeték javítási munkálatok során királysírokat találtak, melyeket december 12-én Érdy János tárt fel. A sírokból előkerült maradványokat III. Béla királlyal és feleségével, Antiochiai Anna királynéval azonosították. Érdy ekképp emlékezik meg a feltárás pillanatáról:
erős férfi csontváz tűnt föl előttünk a régi századok hamvaival behintve, melyeket a szél most lengetett először. E 6 lábnyi és 2 hüvelyknyi hosszu csontváznak még soha nem bolygatott ezüst ékszerein vöröses szürke szín volt elöntve, mely sajátszerü szín utóbb sötétebbre változott. E gyönyörű látványra zsibongó sokaság tódult a máskor csendes térre. Csoportosan ugráltak le a gödörbe, s a felügyelő nem volt többé képes valakit visszatiltani. A koros nők könnyes szemekkel imádkoztak az elporladt ereklye előtt: míg mások elmélkedve csodálták az egykor fényes életnek döbbentő holt képét, azalatt mások azt találgatták vagy kérdezték: melyik királyunké ez erős csontváz?
Ezt követően, a kornak megfelelő metodikával Henszlmann Imre végzett ásatásokat a székesfehérvári királyi bazilikában (korábban Szűz Mária prépostsági templom) 1862-ben és 1874-ben. Az általa kiemelt embertani leleteket a királyi pár maradványaival együtt végül a 20. század elején, a budavári Nagyboldogasszony-templomban (Mátyás-templomban) helyezték nyugalomra, amíg Székesfehérváron nem létesül méltó nyughely a számukra.
2014-ben Kásler Miklós kezdeményezésére és vezetésével tudományos projekt indult a székesfehérvári királyi bazilika embertani leleteinek genetikai vizsgálatára. A program elsődleges célja az volt, hogy az ezidáig egyedüliként azonosított Árpád-házi királyunk, III. Béla földi maradványaiból nyert DNS vizsgálatával meghatározzák az Árpád-házra jellemző, szinte változatlanul öröklődő Y-kromoszómás genetikai markerszettet (haplocsoport). Ennek segítségével később azonosíthatóvá válnak az Árpád-házi királyok csontmaradványai, így elvi lehetőség nyílhat egy, a magyar királyok méltóságához illő kegyhely létrehozására.
A 2014 márciusába kezdődő vizsgálatokba, dr. Erdő Péter bíboros úr jóváhagyásával, a Mátyás-templomban elhelyezett csontvázak közül, III. Béla és Anna királyné maradványai mellett a II/52, II/53, II/54, II/55 és II/109, valamint a I/3G és I/4H jelzésű mintákat vonták be. A férfiágat jellemző Y-kromoszómális markerek mellett az anyai ágon öröklődő mitokondriális DNS-t, valamint autoszómális markereket vizsgáltak. A férfi vázak közül egyetlen mutatott III. Béla királyéval azonos Y-kromoszóma mintázatot, a szaktanulmányban II/52-ként jelölt személy, aki eredetileg III. Béla jobbján nyugodott a fehérvári bazilikában. Ő tehát valószínűleg egy Árpád-házi király vagy herceg volt, aki a testi kromoszómák és a mitokondriális DNS adatai alapján nem lehetett az apja, a fia vagy a testvére III. Bélának.