A szcientológia a rendszerváltás időszakában, 1989-ben jelent meg először Magyarországon Dianetika Egyesület néven, hogy kiadja az egyházalapító amerikai sci-fi író, L. Ron Hubbard filozófiáját összefoglaló, Dianetika című könyvét. A magyar egyháztörvény liberális szellemiségét kihasználva, 1991-ben végül megalakult a Magyarországi Szcientológia Egyház – a szervezet így már állami támogatással folytatta terjeszkedését Magyarországon. A rendszerváltó politikusok annak ellenére adták meg nekik az egyházjogi státust, hogy számos nyugati országban évtizedek óta botrányok kísérték a tevékenységüket. Az Egyesült Államokban a szervezet ellen több nyomozást is folytatott az FBI, tizenegy vezető szcientológust el is ítéltek.
A magyar politikusoknak mégis évek kellettek, hogy felismerjék a szcientológia sötét oldalát. 1993-ban az Országgyűlés aztán destruktív szektának minősítette a szervezetet, és megvonta tőle az állami támogatást. A nyugatias, sikerorientált gondolkodást, az üzleti életben hasznos manipulációs technikákat oktató egyház azonban a szocializmusból kilábaló Magyarországon gyors népszerűségre tett szert, közpénz nélkül is sikeres vállalkozássá vált. Ezután a korábbi Nemzetbiztonsági Hivatal (az Alkotmányvédelmi Hivatal jogelődje) több évkönyvében is utalt rá, hogy az egyház nemzetbiztonsági kockázatot jelenthet. Az elhárítás 1999-es kiadványában a társadalomra veszélyes mozgalmak közt írt egy vallási köntösben megjelent szervezetről, amely „a gyanútlan polgárok hiszékenységét kihasználva, mentálisan és gazdaságilag függővé téve őket próbál minél nagyobb befolyást szerezni”. Az elemzés szerint a szervezet azért jelent nemzetbiztonsági kockázatot, mert a tagjai gazdasági erejük és társadalmi befolyásuk növelése érdekében „tudatosan törekednek a politikai és a gazdasági hatalom megszerzését biztosító pozíciók kialakítására, és teológiai tanításaik csak leplezik a gazdasági és politikai célokat”.
