Kiss Ferenc 1954. június 27-én született Debrecenben. Felmenői közül többen muzsikáltak, így ő is korán kezébe vette a hegedűt. Családja az 1960-as évek közepén Budapestre költözött, itt végezte a középiskolát, a budai II. Rákóczi Ferenc Gimnáziumban érettségizett 1973-ban. 1978-ban az Eötvös Loránd Tudományegyetem magyar–néprajz szakán szerzett, tanulmányai során mindvégig zenélt.
Érettségijének évében, 1973-ban rendezték meg az első mindenki előtt nyitott táncházat Budapesten. A következő évben csatlakozott a Vízöntő együtteshez, akikkel mások mellett Novák Ferenc együttesét, a Bihari János Táncegyüttest is kísérték.
Húsz éven át muzsikált a Vízöntőben, közben 1975-től zenélt a szintén legendás Kolinda együttesben is, ahonnan hamarosan visszavezetett az útja a Vízöntőhöz, amellyel Nyugat-Európában is nagy sikereket arattak.
A megnyíló piaci lehetőségekkel és a nyugati tapasztalatokkal élve 1992-ben létrehozta az első független magyar népzenei kiadót, az Etnofont. A kiadó népzenei és népzenéből táplálkozó kortárs és alternatív törekvések stúdiófelvételével, archiválásával, kiadásával és terjesztésével foglalkozik. Hiánypótló tevékenységével fontos közművelődési szerepet tölt be: a nemzetiségek és a határon túli magyar kisebbségek megismételhetetlen, archív felvételeit teszi közzé, sőt ma már könyvkiadással is foglalkozik.
Kiss Ferenc sokat járt népzenét gyűjteni a szívéhez közel álló Kárpátaljára, itteni gyűjtései során találkozott a még fennmaradt archaikus klezmer stílussal. Ezt az autentikus klezmerzenét igyekezett tovább vinni az 1998-ban megalapított Odessa Klezmer Band nevű zenekarával, amellyel egy közös lemezt készítettek.
Zeneszerzőként egyéni, markáns irányzatot képviselt, elsősorban a magyar folklór elemeit építette be egy új kompozíciós rendszerbe. A korszerű elektronika használata mellett nagyon fontos szerepet adott az akusztikus népi hangszereknek, a tradicionális játék- és díszítéstechnikáknak.
A társművészetekkel (tánc, színház, film) való szerves kapcsolata minden munkájában tetten érhető volt. Számos animációs és mozifilmhez, színházi előadáshoz és kortárs táncszínházi koreográfiához komponált zenét. A parasztzene, a tradicionális előadásmódok, játék- és díszítéstechnikák alapos ismerete és egyedi, újszerű hangzások keresése jellemezte munkáit.
Élete meghatározó emlékeinek tartotta Cseh Tamással és Makovecz Imrével való találkozását.
Cseh Tamás az Etnofon stúdiójában vette fel a Magyar katonadalok és énekek a XX. századból című CD-jét, és utolsó lemezeit itt rögzítette. Ezeken a felvételeken hegedűn és tekerőlanton Kiss Ferenc is közreműködött, s ő volt a producere az Eszembe jutottál – főhajtás Cseh Tamás előtt című emléklemeznek, amelyet a 2010-es Sziget fesztivál nulladik napján élőben is bemutattak.
Makovecz Imrével az 1992-es sevillai világkiállítás kapcsán találkoztak, miután Kiss Ferenc nyerte meg a magyar pavilon zenéjére a tervező, Makovecz által kiírt pályázatot. Az építész emléke előtt tiszteleg a 2014-ben Egely Kati rendezésében készült Világútján, hateha! című animációs film, amelynek Kiss Ferenc producere, írója és zeneszerzője volt. A zenész a hatvanadik születésnapján rendezett koncertjén Makovecz Imrének ajánlotta az alkotást.
2012-től haláláig a Makovecz Imre szellemiségét éltető, a határokon is átívelő Héttorony fesztivál alapítója, illetve művészeti igazgatója volt; 2015-ben első ízben ő vehette át a Makovecz-díjat.
Kiss Ferenc főbb művei többek között a Vízöntő (1977, 1978), a Mélyvíz (1985), a Villanypásztor (1987), a Best (1991), a Kárpátalja népzenéje (1991), A magyartölgy mítoszai (1992),a Vízöntő kor (1994), a Cigány passió (1995), a Szerelem hava (2005), a Szerelemajtók (2006) és a Pávaének (2007).
A Vízöntő és a Kolinda történetét megörökítő könyve, a Kötelékek 2021-ben jelent meg az Etnofon Kiadónál.
Gyermekeknek szóló interaktív előadásai is a népi műveltség időtálló elemeire épültek.
Zenei sokszínűsége számos hangszer használatát követelte meg, így jött létre több mint száz hangszerből, többségében autentikus népi zeneszerszámokból álló hangszergyűjteménye.
Megkapta a Magyar Köztársasági Érdemrend lovagkeresztjét 2002-ben, a Magyar Művészetért Alapítvány Bartók Béla-emlékdíját 2006-ban, 2013-ban Prima díjjal tüntették ki a Magyar népművészet és közművelődés kategóriában, 2018-ban pedig Martin György-díjban részesült.
