A Magyar Köztársaság elnöke, Tildy Zoltán református lelkész a kegyelmet elutasította.
Az egykori Magyar Királyi Honvédség 1938. január 1-e és 1940. december 31-e közötti protestáns egyházi főgondnokát, a volt Magyar Királyi 2. Honvéd Hadsereg parancsnokát 1947. november 26-án, Budapesten golyó által kivégezték.
Holttestét a család tagjainak kiadták, és 1947. november 28-án az Új köztemetőben vettek végső búcsút tőle. Fejfáján a neve helyett a következő mondat állt: „Nem én vagyok erős, hanem aki mögöttem áll, Krisztus.” 1972-ben testvére exhumáltatta, és földi maradványait a Farkasréti temetőben helyezték örök nyugalomra, szülei sírjába.
Jány Gusztáv ítéletét a Magyar Köztársaság Legfelsőbb Bírósága 1993. október 4-én hatályon kívül helyezte, az ellene felhozott vádak alól bűncselekmény hiányában felmentette.
A volt Magyar Királyi Honvédség 2. hadserege parancsnokának 1942–1943 közötti működése hadtörténészi viták fel-felbukkanó témája. Az életútjával foglalkozók többsége úgy véli, felkészült, komoly I. világháborús tapasztalatokkal rendelkező, a parancsokat nem vitató, azokat a legjobb tudása szerint végrehajtó tábornok volt. […]
Amikor 1942 őszén, egykoron a Ludovika Akadémián és a császári és királyi Hadiskolán is társa, a barát, vitéz Nagy Vilmos nyugállományú vezérezredes, honvédelmi miniszter megszemlélte a Magyar Királyi 2. Honvéd Hadsereget, Jány kihallgatáson kérte a minisztertől – az előírt formaságok betartásával és hangsúlyozásával –, hogy jelentse az államfőnek: felmentését kéri hadseregparancsnoki beosztásából, mert nem tud felelősséget vállalni a hadseregért.
Annak helyzete, létszáma, fegyverzete a rá kimért feladat nagyságával össze nem vethető, s egy szovjet támadás tragikus következményekkel járhat a katonákra nézve. A honvédelmi miniszter elő sem merte terjeszteni Jány kérelmét vitéz nagybányai Horthy Miklós kormányzónak, a legfelsőbb hadúrnak.
Jány pedig fegyelmezett katonaként teljesítette a parancsot, amit 1942 decemberében a Honvéd Vezérkar főnöke továbbított a számára: a végsőkig kitartani szovjet támadás esetén. A „kívánalmat” Adolf Hitler, a német birodalom vezetője, a „vezér és kancellár” juttatta el a magyar államfőhöz, és tőle került az tovább vitéz Szombathelyi Ferenc vezérezredesen keresztül Jányhoz. […]
A Magyar Királyi 2. Honvéd Hadsereg emberfeletti teljesítményének köszönhetően sok tízezren – németek, olaszok, magyarok, románok – menekültek meg a haláltól, illetve a hadifogságtól.
A 2. hadsereg 1943 januárja és 1943 áprilisa között mintegy 42 ezer hősi halottat és eltűntet, 26 ezer szovjet hadifogságba került katonát és munkaszolgálatost, továbbá 28 ezer hazaszállított sebesültet veszített. Jány a súlyos veszteségeket soha nem tudta feldolgozni magában. […]
1943. augusztus 5-én az államfő felmentette beosztásából, és 1943. november 1-én nyugállományba került. Visszavonultan élt feleségével Budapesten, Múzeum körúti lakásában. 1945-ben elhagyta az országot, és Bajorországban esett amerikai fogságba. Felesége halálát követően visszatért Magyarországra, jóllehet feltételezhette, hogy mi vár rá. […]
Jány perének anyaga nem könnyen állt össze, annak ellenére, hogy a nevében kiadott parancsokat, utasításokat magáénak ismerte el, nem tiltakozott. Közben a sajtóban gyilkosnak, hóhérnak és mindennek elmondták. Az érdekében fellépő Ravasz László református püspököt is támadták, háborús bűnös védelmével vádolták. Nagy nehezen összeállt a vádirat.