Elutasította a Gazdasági és Közlekedési Minisztérium (GKM) a tárca dolgozóit tömörítő önálló szakszervezet kérését, amely a munkaköri védelem alatt álló szakszervezeti vezetők elbocsátását igyekezett volna megakadályozni, így a munkaügyi bíróságon megkezdődött a tárcától eltávolítani kívánt szakszervezeti vezetők pere.
A folyamatosan emelkedő költségekkel működő GKM most létszámleépítésre és átszervezésre hivatkozva szeretne megválni 20-30 éves tapasztalattal bíró jogászaitól, miközben húszezer forintot is elérő órabérrel dolgozó külső cégeknek ad ki jogi megbízásokat. A szakszervezet képviselője a bíróságon kifogásolta, hogy a tárca működési költségei a 2004-es 531 millió forintról 2005-re 821 millió forintra emelkedtek, s az idei évben már 898 millió forintot tesznek ki. Czövek Margit, a humánpolitikai főosztály munkatársa nem tudott a bíróság azon kérdésére válaszolni, hogy jelenleg hány fővel működik a tárca, illetve hogy a kérdéses munkatársak szakmailag kevesebbet érnek-e, mint a külsős cégek. A per azért bír különös jelentőséggel, mert Gyurcsány Ferenc hétfői nyilatkozatában még éppen a szakszervezetek fontosságáról értekezett. Úgy fogalmazott: a munkavállalók megkerülhetetlen és sérthetetlen joga, hogy szakszervezetet alakítsanak, és vezetőik végezhessék érdekvédelmi munkájukat. A GKM dolgozói és Kóka János tárcavezető között már korábban sem volt felhőtlen a viszony. A kapcsolat akkor mérgesedett el, amikor az elbocsátandó emberekkel kapcsolatban a miniszter úgy nyilatkozott: „ha le akarjuk csapolni a mocsarat, nem a békák számára kell kiírni népszavazást”.

Ez az oka annak, amiért Gyurcsányt ilyen hirtelen eltakarították