Háborús bűnökkel gyanúsította meg az egykori katonatisztet Kovács Tamás, a Holokauszt Emlékközpont történésze. Érvei szerint már az elfogadhatatlan, hogy Szálasi Ferenc országos elhelyezési kormánybiztossá nevezte ki a rémuralma idején, amikor megindult a polgári lakosság kitelepítése. Kisbarnaki bűnei közé tartozik szerinte az is, hogy Szálasi alatt vezérezredessé léptették elő, és ehhez felesküdött a nemzetvezetőre. A legnagyobb történelmi bűnnek Kovács azonban azt tartja, hogy ismeretei szerint Kisbarnaki Farkas Ferenc elnöke volt Sopronkőhidán a főtisztek elleni nyilaspernek, amelyben halálra ítélték korábbi barátját, Hardy Kálmán vezérfőkapitány. (Ő egyébként kegyelmet kapott.)
A Hadtörténeti Intézet Levéltárának elnöke, Bonhardt Attila előadásából azonban az derült ki, hogy ezeknek a megállapításoknak a nagy része a dokumentumok alapján nem bizonyítható, illetve vaskos csúsztatásnak tekinthető. A kormánybiztosi pozícióban ugyanis csak a miniszterek utasításainak lebonyolítása volt Kisbarnaki feladata. Irat bizonyítja viszont, hogy felmentést kért ebből a pozícióból is, de régi ellensége, Beregffy Károly, a Szálasi-kormány hadügyminisztere megfenyegette, hogy eljárást indít ellene. Kisbarnakit fel is mentették a kormánybiztosi megbízatás alól arra hivatkozva, hogy szabotálta a kitelepítést. Szálasi később tényleg vezérezredessé léptette elő, de ez a folyamat még Horthy idejében indult el, így nem bizonyítható, hogy a lojalitása miatt kapta a kinevezést. A sopronkőhidai perben sem ő volt a bíróság elnöke, Kisbarnaki Farkas Ferenc csak azért lett tagja a testületnek, mert a szolgálati szabályzat szerint a hadbíróságokba vezérezredesi rangú tisztet kellett választani.
A levéltári dokumentumok arról is tanúskodnak, a vezérezredes tanúkat idéztetett be, hogy elodázza az ítéleteket, több elítéltet felmentésre terjesztett fel, és végül a tisztek nagy része neki köszönhette, hogy megúszta a halálos ítéletét. Szakály Sándor történész szerint a katonai elit csak azt tette, amit a politikai elit elvárt tőle, és később ezt kérték rajtuk számon. Joggal vagy jogtalanul.
Megfosztották mandátumától Fekete-Győr Andrást