Szeged a reformkor évtizedeiben mélyreható változásokon ment keresztül. A 18. század második felében virágzó gazdasága fellendítette a város fejlődését. A dohánytermesztés, a gabonakereskedelem, az ipar és a hajózás fejlődése felkeltette a befektetők figyelmét.
A vasút fejlesztése mellett felmerült egy Pest-Szeged hajózható csatorna építésének gondolata is. 1833. szeptember 3-án Széchenyi István – a Vaskaputól érkezve – Duna nevű gőzhajójával látogatott a városba. A rendszeres tiszai gőzhajózás 1845-ben indult meg. Sorra települtek a városba a híres kereskedők, egymást követően alapították a gyárakat, s ezek némelyike világhírűvé vált.
A város történetének egyik legnagyobb hatású eseménye, az 1879. évi árvíz visszavetette ugyan a rohamos fejlődést, de páratlan lehetőségeket is nyitott, mert egyetlen éjszaka leforgása alatt megszüntette a város ősi életformáját.
Az árhullám méreteiben és hatásában felülmúlta a Pestet és Budát nagyrészt romba döntő 1838. évi árvizet is. Szeged vesztét végső soron a Tisza és mellékfolyóinak szabályozása okozta. A munkálatok következtében megváltozott a folyó természete, megnövekedett a vízszint ingadozása. A Felső-Tiszán gyorsan áthaladó árhullámok a Közép-Tiszán megrekedtek, az árvizek egyre sűrűsödtek. A bajokat tetézte a gyors folyású Maros is, amely a város fölött torkollik a Tiszába.
1879 tavaszán – a téli havazás és a tavaszi áradás hatására – a szokottnál is magasabbra emelkedett a Tisza vízszintje. A vízvédelmi bizottság a folyón pontonhidakat veretett le, kötelezte a vasutat, hogy kétszáz kocsit tartalékoljon kiürítési célra, és a gátak megemelését is elrendelte. Mindez hiábavalónak bizonyult: március 11-én éjjel vihar söpört végig a környéken, a víz Szegedtől húsz kilométerre északra átszakította a petresi gátat.
Ekkor még nem is sejtették, mekkora veszélyben forog a város. A települést valósággal hátba támadó ár 12-én, hajnali fél kettőkor érkezett meg, a víztömeg először a Rókust, majd a Felsővárost, a belváros mélyebben fekvő részeit, végül az Alsóvárost árasztotta el. A katasztrófa során 165 ember vesztette életét. A város 5723 (más adatok szerint 5595) épülete közül mindössze 414 épület nem dőlt össze. Reggel már csak a magasabb épületek látszottak ki a vízből. A város 70 ezer fős lakosságának zömét más településekre költöztették, csak mintegy 10 ezren maradtak a városban.