A nyolcszáz darabból álló világhírű kollekció tragédiája a zsidótörvényekkel és a háború közeledésével kezdődött. A báró a legértékesebb darabokat budapesti bankok széfjeiben helyezte el. Előérzete beigazolódott, hiszen az 1944-es német megszállás után műkincseinek javát Németországba szállították. Ezek egy részét az amerikaiak megtalálták és lefoglalták. A képek többsége ma is különböző amerikai múzeumok falán látható. A gyűjtemény más darabjai – köztük a bankszéfekben őrzött festmények – a szovjetek birtokába jutottak, akik el is vitték azokat, s idővel kiállították a maguk képtáraiban. Néhány festmény fel-feltűnik a világ aukcióin, mások talán úgy díszítik a hajdani amerikai és szovjet katonák otthonát, hogy örököseik nem is sejtik, milyen értéket őrizgetnek. Ha maradt valami az egykori Lónyay–Hatvany-villában, az örökre elveszett, mert az épületet porig rombolta a Budapestet ostromló Vörös Hadsereg.
Vannak azonban festmények, amelyek megmenekültek vagy szerencsésen visszajutottak Budapestre, s most a Nemzeti Galériában, a Szépművészeti Múzeumban, illetve egy részük az újjáépített Lónyay–Hatvany-villában található.
Hadd tegyek itt egy kis kitérőt, mert a budai Vár alatt álló lenyűgöző épület megérdemel néhány sort. A házat az ezredforduló után építették fel ismét, mégpedig úgy, hogy homlokzatai az eredeti Ybl-féle koncepciót kövessék, belső terei azonban korunk igényeire feleljenek, egyebek mellett azzal is, hogy az építkezés előkészítése során feltárt középkori, kora újkori falmaradványokat láthatóvá tették a villa földszinti tereiben.
A palotácskát 2021-ben vette birtokba a szerteágazó közéleti-kulturális tevékenységet folytató Batthyány Lajos Alapítvány, mely egyéb céljai mellett azt is feladatának tekinti, hogy méltó módon őrizze meg az egykori tulajdonosok, a politikus-közíró gróf Lónyay Menyhért és a festő-műgyűjtő báró Hatvany Ferenc emlékét. Mindketten meghatározó alakjai voltak koruk szellemi-kulturális közéletének. A Hatvany család a kor legjelentősebb alkotóival tartott kapcsolatot, gyakori vendégük volt Ady Endre, József Attila, Bródy Sándor, Hunyady Sándor, Czóbel Béla és Modok Mária, Szmrecsányi Ödön, Lesznai Anna, Bajor Gizi és Petrovics Elek. Thomas Mann –, aki ugyancsak járt a villában, s megcsodálta a hírneves gyűjteményt – a Doktor Faustus egyik szereplőjét a műgyűjtő testvéréről, Hatvany Irénről mintázta.
Ilyen hagyományok formálják a Batthyány Lajos Alapítvány munkáját. A házban ismét rendszeresek a közéleti, kulturális események. Tartottak itt koncertet, könyvbemutatót, bel-, kül-, gazdaságpolitikai elemző beszélgetést, kulturális tanácskozást és természetesen kiállítást is.