George Roger Waters 1943-ban született a délkelet-angliai Great Bookhamben egy keresztény tanár házaspár kisebbik fiaként. Korán félárva maradt, öt hónapos volt, amikor apja 1944-ben Apriliában, az anziói csatában elesett. (2014-ben Apriliában Waters emlékművet állíttatott apjának és a háború áldozatainak.) Özvegy édesanyja a gyermekeivel Cambridge költözött.

Waters Cambridge-ben járt iskolába, itt ismerte meg a későbbi Pink Floyd együttes két tagját, Syd Barrettet és David Gilmourt. Két további taggal, Nick Masonnel és Richard Wrighttal 1962-ben a londoni Regent Street Politechnikumban (a későbbi Westminsteri Egyetemen) találkozott. Mérnöknek készültek, de hamar a zenélés mellett döntöttek.
Előbb Waters és Mason játszott együtt, majd 1963 végén Wrighttal, Keith Noble énekessel és Clive Metcalfe basszusgitárossal kiegészülve Sigma 6 (illetve Meggadeaths) néven együttest alapítottak. Waters ritmusgitározott, Mason dobolt, Wright billentyűs hangszereken játszott, főként magánrendezvényeken léptek fel. Metcalfe és Noble kilépése után Waters basszusgitározott, Syd Barrett és az új tag, Bob Klose gitározott. Formációjuknak 1964-ben – több próbálkozás után – a Tea Set nevet adták. Ebből született meg 1965 végén Barrett, Mason, Waters és Wright alapításában a legendás Pink Floyd, amely az évek során a pszichedelikus rock legfontosabb együttese lett. 1967 augusztusában adták ki The Piper at the Gates of Dawn című első nagylemezüket, amelynek nagy részét Barrett írta, Waters a Take Up Thy Stethoscope and Walk című önálló szerzeményével debütál rajta.

1968-ban, a mentális problémákkal küszködő Barrett kiválása után Waters vette át a David Gilmour gitárossal kiegészült banda vezetését, filozofikusabb, politikusabb irányt adott a Pink Floydnak. Nemcsak zenét írt és énekelt, de ő írta a legtöbb dalszöveget is. Korai albumaik, filmzenéik után az áttörést a The Dark Side of the Moon (1973) című lemez hozta meg nekik, amelynek szövegét, a zene nagy részét, illetve a Money című számot teljes egészében Waters írta. Az album megszakítás nélkül 736 héten át, 1988 júliusáig szerepelt a Billboard magazin 200-as listáján, és több mint negyvenmillió példányban kelt el.