
Esztergomot Batu kán mongol seregei 1242-ben megpróbálták bevenni és noha az ostromkísérlet kudarcba fulladt, de a város és benne a kolostor, illetve a Segítő Szűz Mária-bazilika súlyosan megsérült a harci cselekményektől. A tatárjárás után a templomot a király újjá építtette, még a korábbinál is nagyobb és impozánsabb formában.
IV. Bélát a halála után itt, a főoltár előtt helyezték sírba.
A vörös márványból faragott síremlékről Kálti Márk Képes Krónikája, illetve Hunyadi Mátyás udvari történetírója, Antonio Bonfini, továbbá Jan Dlugoss krónikája is megemlékezett. I. Szulejmán oszmán szultán 1543 -ban elfoglalta Esztergomot.

A törökök a Várhegyen álló egykori királyi palotát erőddé építették át, a város keresztény templomai közül néhányat dzsámivá alakítottak, a többit pedig raktárként vagy istállóként használták.
A tizenötéves háború idején nagyon súlyos károk érték a várost a keresztény seregek 1594-es sikertelen ostroma alatt, majd a rá következő évben Esztergom visszavétele idején is.

A törökök 1605-ben visszafoglalták Esztergomot, és a város csak a XVII. század végi nagy visszafoglaló háborúk idején, 1683. október 28-án szabadult fel végleg a török uralom alól. Ekkorra a középkori Esztergomból szinte semmi sem maradt meg; a város régi templomai mind megsemmisültek, beleértve IV. Béla temetkezési helyét, a ferencesek Segítő Szűz Mária-bazilikáját is.
Világítótoronyként mutat irányt a ferences templom különleges tájolású tornya
A ferencesek Esztergom felszabadítása után, 1690-ben tértek vissza a városba. Mivel a régi rendházuk és templomuk elpusztult, az egykori régi bazilika közelében 1700 és 1717 között emelték a ma is álló barokk stílusú Szent Anna-plébániatemplomot, közismert nevén a ferences templomot.





































