A Balatonban, mint minden nagy tóban, három élőhely különíthető el határozottan: 1. a parti öv az alatta levő fenékkel, 2. a nyílt víz, 3. a nyílt víz alatti tófenék. A halak természetüknek megfelelően e három élőhelyen választják meg táplálkozási és tartózkodási helyüket.
A parti öv halai nem érzik jól magukat, ha a véletlen áramlat vagy más kényszerítő körülmény a nyílt vízbe sodorja őket. A ponty és keszeg fajok ivadékai viszont a parti övben érzik biztonságban magukat. Itt él a küsz, a legújabban betelepedett raszbóra és az ezüstkárász. A parti övben leselkedik zsákmányra a csuka. Itt kóborol, turkál a tógazdasági nemes ponty, a vadpontynak is ez a fő élőhelye, bár ki-kirándulhat a nyílt víz alatti élőhelyre is, ha az iszapban táplálékot talál, vagy telelő helyet keres a mély vízben.
Az angolna ragaszkodik a tófenékhez mind a parti övben, mind a nyílt víz alatt. A kisebb harcsa a parti övben, a nagyobb a nyílt víz alatti fenéken várja, lesi zsákmányát. A Balatonban még mindig főhalnak számító dévérkeszeg egynyaras ivadéka part közeli lakó, a kétnyaras még mindig inkább ezt az élőhelyet választja.
A nyílt víz fenék közeli élőhelyein kóborol, kapkodja és túrja táplálékát a háromnyaras vagy idősebb dévér. A többi keszeg faj: a göndér, a karikakeszeg, a piros szemű kele inkább a parti öv lakója, ritkán merészkedik a széltől háborgatott nyílt vízbe. Az illegálisan tóba jutó amur is a parti öv hínárját eszi, tehát főként itt tartózkodik, de otthonos lehet a nyílt vízben is alakjánál fogva, bár itt nem talál megfelelő táplálékot. A balin, ha számottevő mennyiségben volna a tóban, szintén ilyen két lakóhelyű lenne, és a nyílt vízből kiruccanna küszözni a parti övbe. A kősüllő is a parti öv mélyebb részeit választja táplálkozási és lakóhelyül.
A parti övben a fenékközelben és a víztérben élő fajok nem különülnek el élesen. A parti öv, ahova a tó 10–15 ezer hektárnyi területét számíthatjuk, jól benépesült, illetőleg jól benépesítő élettér, aminek a halait elsősorban a horgászok foghatják meg.
A nyílt vízoszlop az az élettér, aminek minőségét, tisztaságát a benne élő lebegő baktériumok, algák, alsóbbrendű rákok és természetesen a velük táplálkozó halak határozzák meg. Itt az alsóbbrendű rákokat kapkodó garda volt a főhal és az idősebb dévérkeszeg, ha éppen nem talált táplálékot a fenékiszapban turkálva. A nyílt víz alsóbbrendű élőlényeinek tömege (biomasszája) azonban jelentősen megnövekedett. Ezt az igen meggyérült gardaállomány és az inkább turkáló nagy dévérkeszeg-állomány már nem képes megfelelően kihasználni. A ragadozásra még át nem tért apró (3–5 cm-es) süllőivadék is a nyílt víz rákjait eszi, lényeges tömeget azonban nem képes megenni. A nyílt vízoszlopot igen gyéren lakják a halak, ami a hullámzás miatt eléggé „goromba” élőhely. Milyen sors várhat a vízoszlop alsóbbrendű, rövid élettartamú élőlényeire, ha nem eszi meg azokat valamelyik hal? Ezek elpusztulva a fenékre süllyednek, és – kissé sarkosítva – rotható iszap lesz belőlük. A víz minősége sem javul lényegesen, mert a belőlük képződött szervetlen szén-, foszfor- és nitrogénvegyületek visszajutnak a vízoszlopba. A kezdetben legálisan betelepített busák, melyek szűréssel táplálkozó halfajok, a lélegző vízzel a szájukba jutott alsóbbrendű élőlényeket szűrik ki és ezzel táplálkoznak. Tehát tömegesen eszik a vízoszlop megfelelő nagyságú élőlényeit (algákat, alsóbbrendű rákokat). Ilyen táplálékon igen gyorsan és nagyra nőnek, tehát értékes halhússá alakítják át és halmozzák fel (akkumulálják) a rövid életű alsóbbrendű élőlények szerves anyagait. A nagyra, 15–35 kg tömegűre is megnővő busákat – melyek azért nőhetnek ilyen nagyra, mert igen bőséges a táplálékuk, és jó élőhelyet találtak a tóban – igaztalanul megvádolva, biológiai tevékenységüket (táplálkozásukat) félreismerve ma „illegálisan itt tartózkodó” halaknak tartják. Népesítésük a Balatonba – nem tudni, milyen indokkal – tilos! Feltételezhetően a tóban jelenleg lévő busák leívhatnak a tihanyi kútban vagy a Zalában azon a rövid szakaszon, ahova még kifuthatnak. De ez az ívás nem elégséges az állomány utánpótlására. A busákat egyedül a halászok foghatják ki, mert a csalira nem kap, lévén szűrő halfaj. 2001-ben 267 tonna busát fogtak ki a halászok a Balatonból. Ha legálisan megfelelő sűrűségben volnának busák a vízoszlopban, akkor 600–800 tonnára vagy talán még ennél is többre emelkedhetne az évi busafogás, ami egyben a tó vizének minőségi javulását is jelentené, mert kevesebb rothadó iszap képződne. A kellően előkészített és csomagolt busa húsát – mint különösen koleszterinszegény táplálékot – még a nyugati piacon is lehetne értékesíteni.
A nyílt vízoszlop alatti fenék a süllő igazi vadászterülete és lakóhelye. Itt valamikor sok varsinta (vágódurbincs) is élt, ami a kisebb süllők fő tápláléka volt. Ám se a süllő- (fogas-) állomány, se a durbincsállomány nem jött még helyre az 1965-ös süllőpusztulás óta!
Panaszkodnak, hogy a hínár egyre terjed a Balatonban. A hínárfélék adják az amur fő táplálékát. Az amur is csak illegálisan él a tóban, amiből 2,7 tonnát fogtak a horgászok és 2,8 tonnát húztak partra a halászok. A hínármezők alatt is rothadó iszap halmozódik fel – az amurnak is jelentős szerepe lehetne a parti öv vízminőségének javításában. Az amur kiváló horgászzsákmány lehetne a víz minőségének javításán túl.
A Balaton vízminőségéért aggódó illetékeseknek, környezetvédő tudósoknak el kellene dönteniük, vajon azt akarják, hogy továbbra is rothadó iszappá váljon a Balaton 40–45 ezer hektárnyi nyílt (mély) vizében magától termelődő alsóbbrendű élőlényei biomasszájának a tömege, vagy egészséges emberi táplálékká váljon a busák testében. Az is elgondolás tárgya lehetne, hogy a hínárburjánzás biológiai féken tartására bevethető volna az amur. Az amur 1 kg tömeggyarapodáshoz körülbelül 30–40 kg zöld hínárt enne meg. Ez a hínármenynyiség is rothadó iszappá válna, ha nem eszi meg az amur!

Eltűnt pásztói nőt keres a rendőrség