Leromlott állapotban kapta tulajdonba az épületet a várplébánia az államtól 1999-ben, amely azelőtt soha nem volt az egyházé. Azóta gondos gazdaként igyekezett eljárni – ennek érdekében arra kényszerült, hogy a turistáktól belépődíjat szedjen. Végrehajtotta a lehetséges javításokat, és egyre nagyobb összegeket költött az életveszély-elhárításra. Közben lehetőségeinek függvényében folytatta az épület diagnosztikai vizsgálatát, valamint a rekonstrukció előkészítő munkálatait, és ennek dokumentációját átadta a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériuma képviselőinek. A templom plébánosa 2003 januárjában a Miniszterelnöki Hivatal illetékesétől ígéretet kapott arra, hogy 2003-ban az állam 30–50 millió forinttal támogatja a templomfelújítás tervezési munkáinak megindítását. (A tervezést segítő, 2003-ra ígért 50 millió forintos támogatást a mai napig nem kapták meg.) 2003. december 19-én meglátogatta a világörökség részét képező s folyamatosan romló állapotú templomot Medgyessy Péter miniszterelnök, akit Varjú Imre kanonok, plébános fogadott. A kormányfő bejelentését az MTV Híradójából idézzük: „1 milliárd 700 millió forintot különítenek el a költségvetésben jövőre a Mátyás-templom felújítására. A kormányfő ezután felkereste Erdő Péter bíboros-prímást is, akivel az egyház és a kormány együttműködéséről tárgyalt.” Később napvilágot láttak Draskovics Tibor, az új pénzügyminiszter által benyújtott megszorító csomag részletei. A Mátyás-templom felújítására szánt összeg az ígéretekkel szemben kimaradt a Magyar Köztársaság 2004-es költségvetéséből. Viszont később Ács Tamás államtitkár azt nyilatkozta: a kulturális örökség minisztériumának fedezeti tartalékából fognak csaknem százmilliós nagyságrendű összeget elkülöníteni a templomra.
És egy újabb ígéret: 2004. április 13-án látogatást tett a Mátyás-templomban Hiller István kulturális miniszter. Az épület állapotának megszemlélése után a miniszter kifejezte személyes elkötelezettségét a templom felújítása iránt, és kijelentette, hogy 2004 októberétől a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériuma segítséget nyújt az életveszély-elhárítási munkák folytatásához. Jelezte, hogy az épületrekonstrukció megkezdéséről 2004 nyarán kormányhatározat várható, és az előkészületi, engedélyezési és pályáztatási eljárások után várhatóan 2005 második felében megindulhat a rekonstrukció.
A közelmúlt felújításával és a problémák összetettségével kapcsolatban Mátéffy Balázs, a Mátyás-templom gyűjteményének vezetője volt segítségemre. Elmondta, hogy a templom a második világháborúban súlyos sérüléseket szenvedett, amelyeket a magyar állam saját költségén húsz éven keresztül, 1950 és 1970 között helyreállíttatott. Ez mégsem nevezhető teljes rekonstrukciónak, hiszen alapvetően csak a sérülésekre vonatkozott. Szép lett a templom, de az anyaghasználat miatt a rekonstrukció szakszerűtlen volt. Elsősorban a vas kötőelemek használatáról van szó, a kő és kő közötti csapolások régen bronzból, a felújítás során viszont vasból készültek. Ennek elsődleges problémája nemcsak az, hogy a vas oxidálódik, és egy bizonyos idő után nem tudja betölteni tartó funkcióját, hanem sokkal korábban kezdődik a gond, akkor, amikor megindul a rozsdásodás, hiszen növekszik a vas térfogata. A kőhullást az idézi elő, hogy a vas kötőelemek dolgoznak a kövek belsejében, tulajdonképpen bentről repesztik azokat – szögezte le a művészeti igazgató. – Ez nehezíti a dolgunkat, hiszen kívülről nehezen látható, hogy hol vannak a feszültségek a kőelemek között. Ugyanez a probléma a száznegyvenezer Zsolnay tetőcseréppel, amelyeket vasszögekkel szögeltek oda. Sajnos azt látjuk, hogy megreped a cserép, s hullanak a meredek tetőről. Nagyon sok esett le ilyen módon, s a látogatók hazavitték – közölte. A gyűjteményi vezető mindehhez hozzátette: tudomásuk szerint 2004 áprilisa óta elkezdődött a templomrekonstrukció előkészítése, augusztustól pedig az illetékes minisztérium megkezdte a tervezési munkálatokat is.
Bár az állapotfelmérést a plébánia 2001 végére elkészíttette, úgy látszik, hogy már csak a következő kormány idejében történnek gyakorlati rekonstrukciós munkálatok az épületen. A Mátyás-templom homlokzati köveinek közismerten rossz állapota miatt az életveszély teljes elhárítása céljából nem elegendő az épületet körülvevő rácskerítés, szükség van a veszélyessé vált elemek eltávolítására is. A szokásos felülvizsgálatok során a kosaras kocsikkal és alpintechnikával felvonuló szakemberek többmázsányi meglazult kőfaragványt és egyéb homlokzati elemet távolítanak el a templomról. Részletek a 2003. július 3-án végrehajtott újabb kőszobrász-restaurátori állagvizsgálat összefoglaló jelentéséből: „…Közelebbi szemrevételezéssel számtalan komoly, az épület állagát veszélyeztető hibát figyelhetünk meg. Az intenzív puhamészkő-lepusztulás körben a tornyon észlelhető. A tartóvasak korróziós térfogat-növekedése a köveket elrepeszti, ezért kijelenthető, hogy minden vassal rögzített kőelem tartása napjainkra labilissá vált. A kőszerkezetben jelen lévő vasak úgy működnek, mint egy-egy kis időzített bomba. Működésük ideje sajnos napjainkra, illetve a következő időszakra várható! (…) Az oromzat jobb oldalának közepén található ablak középosztóját a rögzíteni hivatott vaspánt feszítette szét, és ezzel mára életveszélyessé tette a középosztó felső részét. Itt a felfekvési felület a negyedére csökkent, mert az első oldal leválása mellett a belső oldal fele is levált. A közel kettőszáz kilós keresztosztó elem most mintegy 15 négyzetcentiméter felületen fekszik fel és a vaslamellán áll! Sürgős rögzítést igényel! Életveszélyt jelent a nyugati kapu fölött! A jobb oldali kisebb mérműves ablak középosztójának felfekvési síkjából is az elülső oldal hiányzik, szintén a rögzítő vaslamella korróziója miatt. A felső középosztó rész az alsó elem belső oldalán még elegyensúlyoz, de helyzetét sürgősen rögzíteni kell. Állapota életveszélyes!” – áll a vizsgálati jelentésben.
Évente hatszáz-hétszázezer látogató keresi fel az ország leglátogatottabb turisztikai látványosságát. Kétharmaduk külföldi. Gyakorlatilag már csak az életvédelmi tetőrácsok és a templomot övező kerítések, valamint a kőanyag rendszeres vizsgálata garantálja a turisták teljes biztonságát. A rácsok látványa ugyanakkor nem jó üzenet arról, hogy Magyarországon mennyire becsülik meg a csodálatos és mellesleg a világörökség részét képező műemlékeket. És fenyeget a kőomlás, a tetőszerkezet kerámiáinak lecsúszása és a beázás is. Balesetveszélyes a padlóburkolat, megoldatlan a szellőzés, ezért bizony gyakran elájulnak a turisták. Korszerűtlen a templombelső megvilágítása (durván kápráztat) és a fűtés is, de villámcsapás ellen sem kellően védett az épület. A Mátyás-templomról van szó, amely a világörökség része.
Drámai romlás. A Mátyás-templom épületének állagromlása az elmúlt években drámai iramban fölgyorsult. A plébánia által 1999-ben megkezdett épületdiagnosztikai vizsgálatokat menet közben több ponton ki kellett bővíteni; ennek nyomán világossá vált, hogy hazánk egyik legfontosabb egyházi műemléke és első számú idegenforgalmi célpontja teljes felújításra szorul. Ez a felújítás azonban nem állhat meg egy korábbi állapot hű helyreállításában, hiszen az épület sok területen komoly korszerűsítést igényel.
A 2001 végére elkészült ötkötetes vizsgálati anyag a munkába bevont tizenöt szakértő, illetve cég szakvéleménye mellett tartalmazza a templomrekonstrukció és az épületbővítés teljes koncepcióját. Az épület teherhordó szerkezeteinek teherbírása megfelelő, azaz összedőléstől nem kell tartani, ám egyre több helyen jelentkeznek statikai vonatkozású problémák.
A templomépület kőfaragványainak és külső falburkolatainak 2001 nyarára drámaivá vált állagromlása a helytelenül alkalmazott vascsapok és vaskapcsok korróziója, a fúgahiányok, a korábbi felújításoknál használt helytelen kötőanyagok, illetve a durva- és keménymészkő-anyagok szerkezeten belüli keveredése együttes hatásának tulajdonítható.
A rézborítású tetőrészek deszkázata (748 m2) teljes egészében súlyosan károsodott, és a cserépfedésű részek lécaljzata (2340 m2) sem megfelelő állapotú; mindkettő cserére szorul.
A templom jelenlegi fűtését 28 hőtárolós készülék látja el, 168 kW beépített teljesítménnyel. A templomépület becsült hőigénye 615 kW. A jelenlegi berendezések teljesítménye tehát jelentősen elmarad a kívánatostól. Ezen felül jelentkezik a megoldandó szellőzés hőigénye. Az épületet a hívek, a koncertlátogatók és a turisták igen nagy számban látogatják, befogadóképessége eléri az 1000 főt. A legnagyobb terhelést jelentő idegenforgalmi szezon alatt a templom hagyományos módszerekkel nem szellőztethető ki; az állandó rossz levegő számos rosszullétet, ájulást okoz. A templomtér 31 000 m3/h levegő befúvását igényli.
A meglévő, mára elavult villamos erőátviteli, villamos fűtési, világítási berendezések teljes felújítása elkerülhetetlen.
Az 1970-es években beszerelt világítási berendezések elhasználódtak, a világítási megoldások nem praktikusak. A templom 30 éves világítási rendszere az elavult technika, az alacsony megvilágítási szint és a durva kápráztatás miatt nem képes ellátni feladatát. A szakértők tanulmányukban javaslatot tesznek az épület minden igényt kielégítő világítási rendszerének kialakítására, a második világháború előtti eszközök részleges felújításával (egyes koszorúcsillárok rekonstrukciója korszerű világítótestekkel).
További igény a templomépületben nem lévő tűzjelző beszerelése, korszerű telefon- és adatátviteli rendszer, a megnövekedett idegenforgalmat kiszolgáló forgalomterelő, valamint videomegfigyelő- és vagyonvédelmi berendezések, hálózatok létesítése. A templom régi villámvédelmi felszereltsége nem felel meg a követelményeknek.
A korábban tapasztalt és ma is előforduló tetőbeázások alapvető oka egyes cserepek lecsúszásából adódik. (A cserepeket a világháború utáni felújításkor helytelen technikával rögzítették.) Teljes tetőfelújítás szükséges: aljzatcsere (3088 m2), a Zsolnay-féle mázas cserepek átrakása (141 843 db) és új vörösrézlemez-szerkezetek beépítése (1330 m2).
A templom miliőjét meghatározó, 1887 és 1896 között készült ólmozott színes üvegablakok kivétel nélkül restaurálásra szorulnak.
