A kisebbségi kérdéssel kapcsolatosan az észtek úgy tartják, hogy mivel az észtországi oroszokat javarészét a szovjet időben telepítették be az országba, s a nemzetközi jog szerint a megszállóknak távoztukban ezeket az embereket magukkal kellett volna vinniük, észt állampolgárság nekik nem jár. Annak azonban, hogy az észtek vonakodnak a szovjet időben betelepítetteknek az állampolgárságot megadni, van egy kevésbé hangoztatott oka is. Attól félnek, hogy az állampolgárságot kapott egyének családegyesítés és egyéb címen újabb betelepülőket hoznak magukkal az országba, s az észtek aránya saját hazájukban rohamosan csökkenne. Mindennek következtében Észtországban nagy számban élnek a szovjet időből maradt orosz és más nemzetiségű emberek, akiknek egyszerűen nincs állampolgárságuk.
A másik problémát, az észt– orosz, illetve –szovjet történelmet illetően az észtek ahhoz a tényhez tartják magukat, hogy az országot 1940-ben erőszakkal csatolták a Szovjetunióhoz, s hogy az 1944-ben véget ért német megszállást, a náci diktatúrát szovjet diktatúra váltotta fel. Az orosz fél viszont ragaszkodik ahhoz az állásponthoz, hogy Észtország önként kérte felvételét a Szovjetunióba, s hogy a Vörös Hadsereg az észteket „felszabadította”, nem pedig – egy új diktatúrát hozva – megszállta.
A parlamenti ratifikálásig azonban még hosszú az út. Enn Eesmaa, az észt parlament külügyi bizottságának elnöke például már az egyezmény aláírását megelőzően bejelentette, bizonyosnak tartja, hogy az egyezményhez fűzendő kiegészítésekről az aláírást követően azonnal megindulnak az észtországi tárgyalások. Ezzel szemben az orosz fél a maga részéről bejelentette, hogy nem fog jóváhagyni semmiféle, az dokumentumhoz csatolandó „külön kiáltványt”, s hogy az egyezmény oroszországi sorsa annak észtországi előmenetelétől függ.
Az egyezménynek Észtországban több ellenzője, mint híve van. Az egyezmény 1999-ben történt elkészítésének legfőbb oka az volt, hogy Észtország attól tartott, az ország EU-csatlakozását a keleti határok bizonytalansága megnehezítheti, márpedig számukra az EU-tagság Oroszország elleni védelmet is jelent. Most azonban, hogy a csatlakozás már megtörtént, az észt politikának egyszeriben nagyobb mozgástere lett az egyezmény módosítására.
Visszalépés. A mostani észt–orosz egyezmény értelmében Észtország az 1920-ban, a tartui békében előírt határokhoz képest két földsávtól válna meg, a Narva folyó keleti oldalán fekvő inkeri finnek lakta területtől (kb. 1235 négyzetkilométer), illetve a délkelet-észtországi Szetuföld keleti, ortodox felétől (kb. 1165 négyzetkilométer). E két területet 1945-ben vették el az Észt Szovjet Köztársaságtól. Ezzel az ország öt százalékot vesztett területéből, ráadásul a szovjet hatalom a meghagyott szetuföldet még tovább osztotta. A Szovjetunió összeomlását követően a függetlenségét újra visszaszerzett Észt Köztársaság az elvett területek törvényes jogutódjának tekintette magát, amihez képest a jelenlegi egyezmény meghátrálást jelent.
