Baja Ferenc még az 1980-as években kezdte politikai pályafutását, 1982-ben Debrecenben, a Kossuth Lajos Tudományegyetemen népművelői oklevelet, majd filmesztétikából egyetemi doktori címet szerzett. Nyíregyházán a városi tanácsnál a művelődési osztályon kapott állást, majd gyorsan Csabai Lászlóné akkori tanácselnök helyettesévé emelték, 1988-ban. Ekkor csatlakozott az MSZMP-hez, a kezdetektől a szabolcsi reformkörös csapat tagja volt. A rendszerváltáskor Baja Ferenc is részt vett az utódpárt, az MSZP megalapításában, 1990-től országos elnökségi tag, önkormányzati ügyvivő, 1992–-1996 között a párt alelnöke, majd 1998-ig az országos választmány elnöke volt. Ezen kívül 1992 és 1996 között a Baloldali Önkormányzati Közösség alapító elnökeként, 2005 júliusától – három évig – a Táncsics Mihályról elnevezett pártalapítvány kuratóriumi elnökeként tevékenykedett.
Az MSZP 1990-es veresége után már Horn Gyula fiatalokkal felfrissített csapatát szervezte, 1992-ben alelnökké is választották, ekkor fordult az országos politizálás felé.
Ebben az időben kezdett élesedni az MSZP irányáról szóló, népi-urbánus vita, és korábbi szocialista informátorokra épülő sajtóbeszámolók szerint innen eredt a Szekeres Imre és Baja Ferenc közötti konfliktus is, ami állítólag több botrányos ügy kirobbanásának is a hátterében állt.