Egyes nem kormányzati szervezetek (NGO) esetében fennáll a gyanú, hogy a Földközi-tengeren végzett mentési műveleteket az embercsempészekkel egyeztették a La Repubblica olasz baloldali napilap hétfői értesülései szerint, melyek az Orvosok Határok Nélkül és a Save the Children szervezettel szembeni ügyészi vizsgálatokon alapszanak.
A La Repubblica úgy tudja, a szicíliai Trapani ügyészsége készen áll vádat emelni a Párizsban alapított Orvosok Határok Nélkül (MSF), a londoni bejegyzésű Save the Children, valamint a német Jugend Rettet nevű civil szervezetek huszonnégy tagjával szemben. A napilap azt írta,
a szervezetek hajói összehangolt mentéseket hajtottak végre azzal a céllal, hogy az NGO-k médiafigyelmet kapjanak.
Trapani ügyészsége március első napjaiban zárta le a 2016-ban és 2017-ben érkezett migránscsoportok tagjainak beszámolói alapján indított nyomozást. Az ügyészség szerint bizonyítékok vannak arra, hogy a civil szervezetek hajói a mentési műveleteket az embercsempészekkel egyeztetve hajtották végre,
az embercsempészek nem egy esetben az NGO-hajókig szállították a bevándorlócsoportokat, és fel is léptek a civil hajókra.
A civil hajók fényjelzésekkel azonosították magukat, így jelezve, hogy az embercsempészek hajói elindulhatnak Líbia partjairól, miközben kikapcsolták azonosító radarrendszerüket, hogy az olasz és nemzetközi hatóságok ne tudják, pontosan hol tartózkodnak. A civil szervezetek az embercsempészeknek visszaszolgáltatták a migránsok szállítására használt csónakokat és mentőmellényeket.
A La Repubblica felvételeket közölt az ügyészségi dokumentációból. A fényképeket a Save the Children hajóján, a Vos Hestián inkognitóban tartózkodó rendőr készítette. Az egyiken egy embercsempészként azonosított férfi látható, aki egy gumicsónakon egy bevándorlót bántalmaz a civil szervezet tagjainak jelenlétében. Az embercsempész ezt követően felszállt a Vos Hestiára, majd a civil hajóval migránsként a délolasz Reggio Calabriában ért partot. Lehallgatott beszélgetések szerint a Vos Hestia kapitánya, Marco Amato azt hangoztatta, hogy ő nem kém és nem rendőr, ezért nem jelentette fel az embercsempészt a hatóságoknál. A civil szervezet más tagja azonban értesítette a rendőrséget, és azonosította az embercsempészt. Egy másik kép szerint 2016 júniusában a Vos Hestiát egy nagy teljesítményű motorcsónak közelítette meg: a csónakon Szulejmán Dabbashi tartózkodott, aki a líbiai Szabrátában működő embercsempész szervezet vezetője.
