Perczel Mór apai ágon bajor eredetű, de magyarországi nemességet szerzett, anyai vonalon az őseit az Árpád-korig visszavezető magyar nemesi családból származott. Szülei huszonegy gyermeke közül ő volt a hetedik. Édesapja Perczel Sándor, aki a napóleoni háborúkban (amelyekben századosként vett részt) szerzett fejsebe miatt gyakran volt türelmetlen és ingerült, sokat adott gyermekei taníttatására. Ezért fiait a pesti piarista gimnáziumba íratta be, ahol Perczel Mórnak az első és a második osztályt – noha „kiválóan”, illetve „elsőosztályúan” teljesítette őket – atyai kérésre kétszer is ki kellett járnia.
Házitanítóként és nevelőként dolgozott mellette a bonyhádi családi birtokon, illetve Pesten Vörösmarty Mihály, aki nemcsak a tudományokba avatta be növendékét, de a reformeszmék iránti lelkesedést, a nemzeti függetlenség melletti elkötelezettséget és a szabadság szeretetét is belé oltotta.
A gyermek Perczel – Vörösmarty hatására – nagy példaképének tekintette II. Rákóczi Ferencet. Vörösmartyt romantikus vonzalom fűzte Perczel Mór egyik nővéréhez, Etelkához (Adélhoz), aki nemcsak szerelme, de múzsája is volt.
Perczel már a húszas évei elején bekapcsolódott a vármegyei politikai életbe, ahol előbb Tolna megye tiszteletbeli aljegyzője, majd jegyzője, illetve a simontornyai járás főszolgabírója lett. 1843-ban – Bezerédj Istvánnal együtt – a rendi országgyűlésben Tolna megye egyik követévé választották. A törvényhozásban beszédeivel hamar kitűnt és nagy népszerűséget szerzett. Kossuth Lajos példájára megalapította a Tolna vármegyei Védegyletet, valamint szorgalmazta az iparosítást, a jobbágyság és a robotrendszer megszüntetését, a közlekedés fejlesztését (vagyis korszerű úthálózat és modern vasútrendszer) kiépítését, ezekkel pedig végső soron sürgette az ország gazdasági modernizálását. Ennek előmozdítására elméletileg is igyekezett fölkészülni: nyelveket tanult (németül, angolul és franciául nagyon jól beszélt), valamint államelméleti és közgazdaságtani könyveket olvasott.
Ekkoriban írta:
Szegénységünk egyik kútforrása a közlekedési eszközök, gyárak, politechnikumok hiánya: ebből következik, hogy a külföld, melyre szorulunk, lebilincsel és elnyom. [...] Oly intézkedéseket kell tehát előállítani, melyek hazánkban munkásságot és értelmességet terjesztenek, milyenek: nevelési intézetek, nemzeti bank, jó utak, csatornák, politechnikumok. De ezeket nem lehet másképp eszközölni, mint országos adózás útján, s majdnem a lehetetlenséggel kell küzdeni, ha a nemesség a terhekben részesülni vonakodik.
Felismerte, hogy a szlovák és a délszláv nemzetiségi és függetlenségi mozgalmak (amelyek 1848–49-ben nagy problémát okoztak az első független felelős magyar kormánynak) mögött nem az orosz birodalmi érdeket és a pánszláv ideológiát kell keresni, hanem a bécsi Habsburg-udvar érdekeit. Az ugyanis az „oszd meg és uralkodj!” eleve alapján állította egymással szembe birodalma etnikumait. Ezzel a hazai nemzetiségek a polgári szabadságjogok terjedésének, valamint a gazdasági és társadalmi modernizációnak is ellenségeivé váltak, nemcsak a magyar államnak.
Az 1848. márciusi forradalom győzelme után Bonyhád és Buda szabad királyi városa is parlamenti képviselőjévé, az első népképviseleti törvényhozás tagjává választotta.
Az utóbbi mandátumát fogadta el. A Szemere Bertalan által szervezet első magyar belügyminisztériumban osztálytanácsos lett és Magyarország rendőrfőkapitánya. 1848 szeptemberében, a Josip Jelacic horvát bán vezette osztrák és horvát haderő Magyarországra való betörése idején megszervezte a Zrínyi-szabadcsapatot, amelynek őrnagya és parancsnoka lett.
