Perczel Mór apai ágon bajor eredetű, de magyarországi nemességet szerzett, anyai vonalon az őseit az Árpád-korig visszavezető magyar nemesi családból származott. Szülei huszonegy gyermeke közül ő volt a hetedik. Édesapja Perczel Sándor, aki a napóleoni háborúkban (amelyekben századosként vett részt) szerzett fejsebe miatt gyakran volt türelmetlen és ingerült, sokat adott gyermekei taníttatására. Ezért fiait a pesti piarista gimnáziumba íratta be, ahol Perczel Mórnak az első és a második osztályt – noha „kiválóan”, illetve „elsőosztályúan” teljesítette őket – atyai kérésre kétszer is ki kellett járnia.
Házitanítóként és nevelőként dolgozott mellette a bonyhádi családi birtokon, illetve Pesten Vörösmarty Mihály, aki nemcsak a tudományokba avatta be növendékét, de a reformeszmék iránti lelkesedést, a nemzeti függetlenség melletti elkötelezettséget és a szabadság szeretetét is belé oltotta.
A gyermek Perczel – Vörösmarty hatására – nagy példaképének tekintette II. Rákóczi Ferencet. Vörösmartyt romantikus vonzalom fűzte Perczel Mór egyik nővéréhez, Etelkához (Adélhoz), aki nemcsak szerelme, de múzsája is volt.
Perczel már a húszas évei elején bekapcsolódott a vármegyei politikai életbe, ahol előbb Tolna megye tiszteletbeli aljegyzője, majd jegyzője, illetve a simontornyai járás főszolgabírója lett. 1843-ban – Bezerédj Istvánnal együtt – a rendi országgyűlésben Tolna megye egyik követévé választották. A törvényhozásban beszédeivel hamar kitűnt és nagy népszerűséget szerzett. Kossuth Lajos példájára megalapította a Tolna vármegyei Védegyletet, valamint szorgalmazta az iparosítást, a jobbágyság és a robotrendszer megszüntetését, a közlekedés fejlesztését (vagyis korszerű úthálózat és modern vasútrendszer) kiépítését, ezekkel pedig végső soron sürgette az ország gazdasági modernizálását. Ennek előmozdítására elméletileg is igyekezett fölkészülni: nyelveket tanult (németül, angolul és franciául nagyon jól beszélt), valamint államelméleti és közgazdaságtani könyveket olvasott.
Ekkoriban írta:
Szegénységünk egyik kútforrása a közlekedési eszközök, gyárak, politechnikumok hiánya: ebből következik, hogy a külföld, melyre szorulunk, lebilincsel és elnyom. [...] Oly intézkedéseket kell tehát előállítani, melyek hazánkban munkásságot és értelmességet terjesztenek, milyenek: nevelési intézetek, nemzeti bank, jó utak, csatornák, politechnikumok. De ezeket nem lehet másképp eszközölni, mint országos adózás útján, s majdnem a lehetetlenséggel kell küzdeni, ha a nemesség a terhekben részesülni vonakodik.
Felismerte, hogy a szlovák és a délszláv nemzetiségi és függetlenségi mozgalmak (amelyek 1848–49-ben nagy problémát okoztak az első független felelős magyar kormánynak) mögött nem az orosz birodalmi érdeket és a pánszláv ideológiát kell keresni, hanem a bécsi Habsburg-udvar érdekeit. Az ugyanis az „oszd meg és uralkodj!” eleve alapján állította egymással szembe birodalma etnikumait. Ezzel a hazai nemzetiségek a polgári szabadságjogok terjedésének, valamint a gazdasági és társadalmi modernizációnak is ellenségeivé váltak, nemcsak a magyar államnak.
Az 1848. márciusi forradalom győzelme után Bonyhád és Buda szabad királyi városa is parlamenti képviselőjévé, az első népképviseleti törvényhozás tagjává választotta.
Az utóbbi mandátumát fogadta el. A Szemere Bertalan által szervezet első magyar belügyminisztériumban osztálytanácsos lett és Magyarország rendőrfőkapitánya. 1848 szeptemberében, a Josip Jelacic horvát bán vezette osztrák és horvát haderő Magyarországra való betörése idején megszervezte a Zrínyi-szabadcsapatot, amelynek őrnagya és parancsnoka lett.
Fegyverrel védte a magyar függetlenséget, nagy szerepe volt az a pákozdi (1848. szeptember 29.) és az ozorai (1848. október 7.) győzelemben. Nem sokkal később az Országos Honvédelmi Bizottmány tábornokká nevezte ki. Mégpedig úgy, hogy korábban nem volt katonai rangja és tapasztalata. Tüzértisztnövendékként szolgált ugyan fiatalkorában, de magyar hazafias elkötelezettsége és zabolázhatatlan természete miatt le kellett szerelnie. Hadi sikerei és katonái körében való népszerűsége ellenére Mórnál (1848. december 30.) csatát veszített. Az általa is megerősített történet szerint egy cigány asszony jövendölése óvta a nevét viselő településtől.
Perczelnek 1848–49 fordulójától megszaporodtak a konfliktusai a magyar függetlenségi harcok vezetőivel.
Görgei Artúr mindig is ellenlábasának és vetélytársának számított (eltérő hadi stratégiájuk mellett a főparancsnokság és a tábornagyi cím elnyerése miatt is volt köztük feszültség), de Kossuth Lajossal is ellentmondásos volt a kapcsolata, amely aztán az emigrációban tovább mélyült, például amikor a konstantinápolyi kormány a török birodalom területén élő magyar menekültek parancsnokává Kossuth helyett őt nevezte ki. Az 1860-as évek elejétől pedig már kifejezetten bírálóan nyilatkozott róla, noha nem tudhatta, hogy Kossuth sem bízott benne és még kormányzó-elnökként elrendelte titkosrendőri megfigyelését.
Perczel a negyedik hadtest parancsnokaként 1849 tavaszán a délvidéki hadszíntéren tevékenykedett, ahol a magyar kormány ellen lázadó szerb mozgalmak elleni hadműveleteket vezette. A szenttamási győzelme (1849. április 3.) révén sikerült visszaverni a szerbek támadását, és ezzel a Bácskát, sőt részben a Bánságot is fölszabadítani. Ekkor neve egy népdalba is bekerült:
Perczel Móric katonája / A falakat mind megmászta, / Muszkát, rácot és németet, / Mindet pokolba kergetett. // Perczel Móric aranycsillag, / Ott Szenttamás alatt ballag, / Siratgatja halottait, / Kossuth Lajos katonáit.
Perczel a Görgeivel való sorozatos konfliktusa miatt távozott a magyar haderő vezetéséből 1849 nyarán, augusztusban a szőregi és a temesvári csatában már „csak” mint önkéntes vett részt. A forradalom és a szabadságharc bukása után külföldre menekült. Távollétében 1851-ben halálra ítélték és jelképesen kivégezték (nevét egy táblára írva fölszögezték a bitófára).
Egy ideig a Nagy-Britanniához tartozó Jersey szigetén élt, ahol többek között Victor Hugóval és Karl Marxszal is tartotta a levélkapcsolatot, majd Brüsszelben telepedett le. Feleségével, Sárközy Juliannával tizennégy gyermeket neveltek. A kiegyezést követően visszatért Magyarországa, híve lett a dualista rendszernek (már csak azért is, mert Kossuth politikáját zsákutcának vélte), sőt parlamenti mandátumot is szerzett: Zalaegerszeg népe választotta képviselőjévé. Perczel ekkori politikai szerepléséről Kosáry Domokos történész, akadémikus így írt:
Hogy az egykori telivér forradalmárból a kiegyezés híve lett, s egykori vezetőivel szembekerült, az nagyrészt abból érthető, hogy Kossuth tetteit és terveit teljesen elítélte, s nem tudott bízni bennük.
1869-ben visszavonult a politikai élettől és bonyhádi birtokán gazdálkodott. Iratainak egy részét maga rendezte sajtó alá és saját költségén adta ki 1883-ban.
Kolta László címzetes főiskolai docens, bonyhádi történész, Perczel életútjának alapos ismerője és egyik összefoglalója a következő szavakkal értékelte a reformer politikus és szabadságharcos tábornok pályáját:
Perczel Mór egész élete, működése, cselekedetei, tépelődései mind bizonyítékai annak, hogy ez az »izgatott lelkű látnok« a hazát, a szabadságszeretetet állította életműve középpontjába. Perczel Mór pályafutása sok követendő példát állít elénk!
