1917. április 12-én – hat nappal az Egyesült Államok Németországnak való hadüzenete után –
Czernin memorandumban fordult Károlyhoz, amellyel ismét bizonyította politikai éleslátását. A feljegyzésben ugyanis kifejtette, hogy a központi hatalmak el fogják veszíteni a háborút, amelynek egyetlen és igazi győztese Amerika lesz.
A tárcavezető felismerte, hogy a konfliktus elhúzódása elsődleges amerikai érdek, és bármely tábor nyerjen is, Európa mint kontinens vesztes lesz. Feljegyzéseiben ekkor született meg annak gondolata, hogy az egész világháború valójában egy európai testvérháború – ez a meglátása majd a későbbiekben, Habsburg Ottó politikájában fog tovább élni.
Czernin pályájának zenitjét a bolsevik szovjet-orosz kormánnyal való tárgyalások jelentették. Miután 1917. december 22-én fegyverszünetet kötöttek a hadviselő felek a keleti fronton, hamarosan megkezdődtek a békéről való egyeztetések. Czernin a Monarchia álláspontjaként itt is az annexiók nélküli béke mellett tört lándzsát. Részben ennek szellemében 1918. február 9-én külön békeszerződést kötöttek Ukrajnával, amely modern államként ekkor jelent meg a térképeken. Három héttel később, március 3-án a breszt-litovszki békét is aláírták a központi hatalmak Szovjet-Oroszországgal. Ennek révén az Osztrák–Magyar Monarchia győztesen került ki a keleten folytatott küzdelemből, és nagymértékben izolálni tudta Oroszországot, amely hatalmas területeket vesztett el, és létrejöhetett a ma létező három balti állam, valamint Finnország is. Az akkori emberek számára a fő nyereség azonban az volt, hogy a gazdag ukrán mezőgazdasági területek felhasználásával enyhíthetőnek tűnt a Monarchia élelmezési krízise; ennek megfelelően Czerninben sokan egyfajta „kenyérbéke” megkötőjét tisztelték.
Bár a breszt-litovszki béke idején még egy erőteljes birodalom győztes minisztereként léphetett fel, Czernin hivatalának napjai meg voltak számlálva. A gróf bukását a Sixtus-affér okozta, még pontosabban az, hogy a tárcavezető nem ismerte Károly két, 1917 tavaszán elküldött levelét. Ezekben a császár és király lényegében elismerte a főbb antant hadicélokat és kompromisszumos békét kínált az ellenségnek, amelyre méltó választ azonban nem kapott. 1918. április 2-án Czernin azt nyilatkozta, hogy a béke egyetlen akadálya Franciaország ragaszkodása Elzász-Lotaringia visszaszerzéséhez. Erre válaszul Georges Clemenceau francia miniszterelnök publikálta Károly egy évvel korábbi leveleit, így bizonyítani tudta, hogy a király a németek megkerülésével akart békét kötni, mégpedig a háború egyik legneuralgikusabb kérdésének az antant számára kedvező rendezésével. A francia kormányfő ezzel végleg megfojtotta Károly békére igyekvő politikáját. A király a külügyminiszter felelősségének hangsúlyozásával kívánt menekülni a helyzetből és leváltotta miniszterét – ennek ellenére minden hitelét elvesztette domináns szövetsége, a Német Birodalom szemében. Maga Czernin is úgy vélte, hogy ekkorra két út maradt a dualista állam számára, vagy az antant igája alá kerül a németekkel együtt, vagy pedig – német győzelem esetén – Berlin alávetettje lesz.