Sokféleképpen nevezték a Duna híres szigetét az elmúlt századok során: volt Nyulak szigete, Budai-sziget, Nagyboldogasszony és Urak szigete, és már a XIV. században is viselte a szent életű királyleány, Margit nevét. A hagyomány szerint Imre király (1196–1204) itt tartotta udvarát, ennek azonban nem bukkantak épített emlékére. Az Árpád-házi uralkodók idején többféle szerzetesrend is megtelepedett az erdős-ligetes, vadban-halban bővelkedő szigeten, amelyek már bőven hagytak maguk után nyomokat.
A francia eredetű premontreiek a XII. század végén jelentek meg a Nyulak szigetén, hamarosan templomot és kolostort emeltek. IV. Béla király adományából a domonkos apácák jutottak tekintélyes rendház birtokába 1252 táján. Ugyancsak a tatárjárás körüli években jelent meg a sziget déli részén a jeruzsálemi Szent János-lovagrend, a keresztesek négyszögletű várának maradványai – amelyhez eredetileg bizonyosan tartozott ispotály is – egy XVII. századi metszeten láthatók. A Szent Ferenc reguláját követő minorita szerzetesek 1270 körül költöztek a mai Margitsziget akkor több darabból álló földjére.
A kolduló barátok egykori templomának romja a szigeti főút mentén, a Palatinus strandfürdővel szemközt található. Tekintélyes magasságban áll az épület nyugati homlokfala, előtte a hozzá csatlakozó torony csonkjával. Csupán itt láthatók középkori építészeti részletek – egy keskeny csúcsíves ablak a magasban hármas lóhereívű mérművel, valamint a karzatra átvezető gótikus ajtó nyílása –, a templomhajó északi hosszfalában csak az újkorban átszabott üres ablaknyílások tátonganak. Ehhez a falhoz építette ugyanis 1796-ban a sziget akkor tulajdonosa, József nádor a nyaralóját, amelyet – miután Budapest ostroma alatt az oroszok tönkrelőtték – 1949-ben lebontottak. Törs Kálmán 1872-ben megjelent könyvében leírja a nádori lakhoz támaszkodó klastrom maradványát, a hét–kilenc öl magasra felnyúló, 48 láb szélességű homlokfallal, megemlítve, hogy a kövek közt „nehány fehér márványdarabot” is látni. A török hódoltság alatt elpusztult ferences rendház köveit felhasználták a nádori nyári lak építéséhez, a franciskánusok templomának romjait 1958 és 1967 között konzerválták.
Említést érdemel, hogy több neves írónk, művészünk volt a Palatinus villa lakója. A sziget nyugalmát keresve itt írta verseit Szép Ernő, darabjait Bródy Sándor; 1919 és 1930 között több ízben ide vonult vissza a város zajától Krúdy Gyula. Ide tartozik még, hogy egy 1989-ben hozott miniszteri rendelet értelmében az egész Margitsziget kibővített műemléki jelentőségű, szigorúan védett terület, amely 1987 óta az UNESCO világörökségi listáján is szerepel. A szigeten tehát semmiféle építkezést (bontást stb.) nem lehet engedélyezni és végezni, amiről az illetékes kulturális minisztérium a közeli Hajós Alfréd uszoda bővítésének engedélyezésekor nagyvonalúan megfeledkezett.

Halál helyett második esély: egy segélykiáltás mindent megváltoztatott