Hosszas vita előzte meg a zsidó közösség részéről a pápa látogatását. A Háárec izraeli napilap helyszíni beszámolója szerint egy nappal a találkozó előtt, a sabbat ima idején a zsinagóga úgy nézett ki, mintha egy filmbéli díszlet volna, minthogy hatszáz újságírót vártak az eseményre, a női imahelyeket sajtópáhollyá alakították, a tévések pedig felépítették saját tudósítói helyszíneiket az épületen belül. A közösség két pártra szakadt, egyik oldalon azok álltak, akik a pápai látogatást kedves és békülékeny gesztusként értékelték, mások viszont továbbra is bírálják a Szentszéket, mert folyamatban van XII. Pius pápa szentté avatási eljárása. Utóbbiak közé tartozik Giuseppi Laras, Olaszország főrabbija is, aki nem vett részt a pápai találkozón, megharagítva ezzel több zsidó vezetőt.
A szintén a Háárecnek nyilatkozó David Rosen rabbi egyenesen felháborítónak nevezte Izrael viselkedését a Szentszékkel szemben, rámutatva, hogy bármely más ország visszahívta volna már a nagykövetét, ha a fogadó állam annyira semmibe venné a megállapodásokat, mint Izrael. Az Apostoli Szentszék tizenöt éve, a diplomáciai kapcsolatok felvétele óta kéri státusának rögzítését a Szentföldön, ám ez azóta sem történt meg. Nemrégiben Danni Ajalon külügyminiszter-helyettes vatikáni tisztviselőkkel tárgyalt Rómában erről a kérdésről, s megállapította, hogy kudarcot vallottak a megbeszélések, s krízishelyzetben vannak a kapcsolatok. Rosen szerint a diplomáciai kapcsolatok felvétele és a problémák kialakulása is II. János Pál pápához köthetők, akit pedig manapság a zsidók és keresztények egyaránt szentként tisztelnek.
Ahogy korábban, a pápasága idején szentként kezelték XII. Piust is, ez a nézet alakult át a hatvanas évektől kezdve azzá, hogy több sajtótermékben „ellentmondásos” személyként írják le, mert állítólag nem tett meg mindent a zsidók megmentéséért a II. világháború idején. Giancarlo Centioni atya három nappal a zsinagógában tett látogatása előtt arról beszélt, a háborús egyházfő állította fel azt a föld alatti mentőszolgálatot, amely a Szent Rafael Egyesület fedése alatt segített a zsidóknak kijutni a nácik kezei közül. A szervezetet a pápa indítványára hozta létre néhány német pap, őket segítette állítása szerint a ma 97 éves Centioni is, akinek kötődése Mussolini pártjához segített abban, hogy ne gyanakodjanak rá. Az idős pap állítása szerint ő az utolsó, még életben lévő tagja a szervezetnek.
A katolikus egyház elhajló ágai is tiltakoztak a látogatás ellen, így például Florian Abrahamowicz, akit radikális politikai és hitbéli nézetei miatt kizártak a tradicionalista X. Szent Pius Társaságból – amelynek tagjait nemrégiben fogadta vissza az egyház, heves indulatokat kiváltva egyes szélsőséges politikai nézeteket valló papjai miatt a zsidó közösségek tagjaiból – Veronában szervezett egy megmozdulást.
Manfred Weber parancsára ültek Magyar Péter képviselői ukrán zászlós pólóban az Európai Parlamentben