Döntés született arról is, hogy a megtorlás, a perek zárt ajtók mögött, a nyilvánosság kizárásával folyjanak. Ebben feltehetően a már ekkor kibontakozó nemzetközi tiltakozás játszott szerepet. A moszkvai látogatást követően, 1957. április elején az MSZMP Intéző Bizottsága, majd Központi Bizottsága is jóváhagyta a tömeges megtorlás elindítását, és határozatot hozott Nagy Imre és társai bírói felelősségre vonásáról is.
Biszku is főszerepet játszott
1957 áprilisától 1959 tavaszáig tartott a következő szakasz, amely a tömeges bosszúállás periódusának nevezhető. Ennek csúcsa Nagy Imre és társai halálra ítélése volt 1958. június 16-án. Egyedül 1957-ben több mint húszezer személy ellen indult eljárás politikai okból, s ebből alig több mint hatezret „sikerült" elítélni az adott évben. Ez a szakasz 1959 tavaszán részleges amnesztiával ért véget.
Hivatalosan a megtorlás menetét személy szerint a belügyminiszter (1956. novembertől 1957. márciusig Münnich Ferenc, 1957–61 között Biszku Béla, 1961–63 között Pap János) irányította. A politikai rendőrség készítette el az ügyészség „számára” a vádiratokat, amelyek kimondva kimondatlanul az ítéletet is tartalmazták. A belügyminiszter azonban inkább az operatív irányítást végezte: munkáját az illetékes KB-titkár (Marosán György, majd Biszku Béla) és végső soron az MSZMP Intéző, majd Politikai Bizottsága felügyelte, amely 1957–58-ban tucatnál is több alkalommal tárgyalta a „felelősségre vonás" kérdését.
Elképesztő bosszúállás
A megtorlás méreteit tekintve a magyar történelem legnagyobb politikai megtorlása. A kivégzettek pontos számáról ma is vita folyik: 229 főtől a 453 fős adatig. De akármelyiket is tekintjük, ez többszöröse a Haynau által elrendelt 120 kivégzésének 1849 után, a háromszor akkora Magyarországon.
Egy 1960. december 31-i keltezésű, Igazságügyi Minisztérium által készített statisztika államellenes cselekményekért 21 668 elítélésről ír (polgári és katonai bíróságok által). Ebből 16 443 végrehajtandó szabadságvesztés, 4961 felfüggesztett szabadságvesztés volt.
