Az ügyészség szerint az 1956-os forradalom leverése után Biszku Béla tagja volt az állampárt egyik vezető testületének, amely létrehozta és irányította az úgynevezett karhatalmat, amely az állampárt hatalmának jogellenes eszközökkel történő erőszakos megtartását és megerősítését szolgálta, és ennek érdekében kegyetlen leszámolásokat, megtorlásokat hajtott végre. A vádirat kitér arra, hogy a fegyveres alakulatok a polgári lakosságra leadott sortüzekkel szándékos emberöléseket követtek el; például 1956. december 6-án Budapesten, a Nyugati pályaudvarnál lezajlott „vörös zászlós” tüntetésen hárman vesztették életüket, két nappal később Salgótarjánban pedig a karhatalmisták és szovjet katonák lövéseitől negyvenhatan, köztük nők, gyerekek, egyikük csupán 10 éves volt.
Biszku Béla az ügyészség szerint azért nem intézkedett a felelősségre vonás érdekében, mert a polgári lakosságra leadott sortüzekkel elkövetett emberölésekre a szűkebb pártvezetés más tagjaival együtt ő adott utasítást. Az ügyész kedd délelőtt másfél órás perbeszédében azt fejtegette, hogy a vádbeli időszakban minden hatalom forrása az állampárt volt, amelynek vezetésében a vádlott is részt vett, a karhatalmat pedig Horthy Miklós 1919–20-ban véres megtorlásokat elkövető tiszti különítményeseinek mintájára hozták létre, célja a megtorlás, a hatalom megszilárdítása és a munkástanácsok szétverése volt.
A sortüzek kapcsán az ügyész „ideológiai tűzparancsról” beszélt, azaz a karhatalom létrehozásának módja és irányítása miatt a karhatalmistákban olyan érzés keletkezhetett, hogy jogszerűen nyithatnak tüzet fegyvertelen civilekre.
Az ügyész szerint nemcsak nemzetközi egyezményeket, hanem az örök emberi törvényeket is sérti fegyvertelen emberek, nők, gyerek megölése. Az 1956-os forradalom leverése után hónapokkal már nem lehetett a fegyveres ellenállás letörése a cél, csak a fegyvertelenek elleni fellépés.
A karhatalom bevetésének oka a rendszer elleni felkelés megtorlása, a hatalom megtartása és a munkatanácsok megtörése volt. A vádbéli események kapcsán az ügyész leszögezte: az állampárt vezetőinek tudta és akarata nélkül nem történhettek volna meg. Másokkal együtt Biszku Béla bírta rá a karhatalom tagjait a cselekmények elkövetésére.
Az ügyész szerint nem felel meg a valóságnak Biszku Béla azon állítása, hogy szuverén bíróság hozta volna az 1956 utáni ítéleteket. Az ügyész hosszan beszélt a korabeli statáriális, illetve gyorsított eljárásokról, melyek gyakorlatilag egyfajta jogi megtorlásoknak tekinthetők, és a pártatlan igazságszolgáltatástól fosztották meg a társadalmat. Ez emberiesség elleni cselekménynek tekinthető, amit Biszku 2010-ben a Duna tévének adott nyilatkozatában jelentéktelen színben tüntetett fel, megsértve ezzel az áldozatok hozzátartozót.
Az ügyész szerint Biszku Béla magatartása megvalósította a felbujtóként aljas indokból és célból több emberen elkövetett emberöléssel, illetve minősített testi sértéssel elkövetett háborús büntetett. Továbbá a vádlott televíziós nyilatkozatával a kommunizmus bűneinek nyilvános tagadását, illetve a lakásán egy házkutatás alkalmával megtalált néhány sörétes lőszerrel a lőfegyver visszaélést valósította meg.
Az ügyész perbeszéde végén az egyik áldozat a perben tanúként meghallgatott hozzátartozóját idézte, aki szerint „a bűnt igenis meg kell nevezni”. Az ügyész szerint jelen ügyben nincs mód határozott idejű szabadságvesztés kiszabására, csak fegyházban letöltendő életfogytiglanra.
A tárgyaláson ismertették a vádlott rövid írásbeli vallomását, amely szerint a karhatalom létrehozásában nem vett részt, 1956 november–decemberében részükre nem adott utasítást, nem vett részt békés tüntetések feloszlatásában.
Az ügyvéd perbeszédében bűncselekmény, illetve bizonyítottság hiányában kért felmentést. A védő beszélt többek között arról, hogy vannak arra vonatkozó adatok is, hogy a kormány szervezte a karhatalmat, Biszku pedig abban az időszakban még nem volt kormánytag. Egyébként is több karhatalom volt, az egyik a néphadsereg kötelékében, a másik belügyi alakulatként szerveződött. Az ügyvéd szerint nem bizonyítható egy szakadatlan utasítási láncolat a vádlott és a halálos sortüzeket leadó karhatalmisták között, olyan parancs egyébként sem volt, hogy a karhatalmisták lőjenek a fegyvertelen tömegre.
A vádban szereplő televíziós nyilatkozat kapcsán az ügyvéd hivatkozott a nemzetközi egyezményekben garantált véleményszabadságra, és megjegyezte, hogy a történelem értelmezéséről inkább konferenciákat kellene rendezni és könyveket írni. A lőszerrel visszaélés kapcsán a tárgyaláson Biszku Béla jelezte, hogy a lakásán talált lövedékek a fiáé voltak, az ügyvéd pedig azt hangsúlyozta: védencének nem volt róluk tudomása.
Az ügyvéd az eljárás tisztaságával kapcsolatban megjegyezte, hogy az ügy sajátos politikai kontextusba került, az váshatóság pedig kreatív jogértelmezést végzett. Az államhatalom pillanatnyi politikai érdekekért ítéltet el embereket. Komoly elvárások fogalmazódtak meg az ügy kapcsán, ezért az ítélethez kellő bátorságot kívánok – jegyezte meg az ügyvéd. Az ügyész viszonyválaszában a vádhatóság nevében visszautasította, hogy politikai megrendelések teljesítésében elvárásoknak megfelelve járnának el.
Biszku Béla az utolsó szó jogán nem kívánt felszólalni, a bíró kérdésre, hogy az idő előrehaladtára való tekintettel elnapolják-e a tárgyalást, annyit mondott: „fejezzük be!”
Biszku Béla keményvonalas kommunista politikus belügyminiszterként az 1956-os forradalmat követő kádári megtorlás motorja volt. A rendszerváltást követően neve akkor került újra reflektorfénybe, amikor négy éve Skrabski Fruzsina és Novák Tamás filmet készítettek Biszkuval, szembesítve őt például azzal a dokumentummal, amelyben „kevesellte a fizikai megsemmisítések számát”. Az egykori belügyér először letiltatta a film bemutatóját arra hivatkozva, hogy az olyan felvételeket tartalmazott, amelyeken nem közszereplőként szerepel.
Később Biszku interjút adott a Duna Televíziónak, amelynek nyomán Szilágyi György jobbikos képviselő feljelentést tett az egykori belügyér ellen, a kommunizmus bűneinek tagadása miatt. Az ügy kapcsán, Gellért Ádám nemzetközi jogász javaslatai alapján készült el az úgynevezett lex Biszku is, amely „az emberiesség elleni bűncselekmények el nem évülésének kimondásával lehetővé tenné az ’56 utáni megtorlások politikai megrendelőinek és az igazságszolgáltatás szereplőinek büntetőjogi felelősségre vonását”.
Biszku Béla tudott a legfiatalabb ’56-os mártír, Mansfeld Péter letartóztatásáról és kivégzéséről is. Ez azokból az iratokból derül ki, amit Mansfeld Péter öccse, László kért ki a levéltárból. Mansfeld Péter és társai 1958-as letartóztatásának jegyzőkönyvében négy név szerepelt, akiknek meg kell küldeni a dokumentumot, köztük az első: „Biszku elvtárs”. Biszku mindig azt hangsúlyozta, hogy a megtorlásokhoz neki nincs köze, az ítéleteket a bíróságok hozták. Az egykori politikust 2012 szeptemberében vették őrizetbe, több emberen elkövetett emberöléssel megvalósított háborús bűntett, valamint bűnpártolás miatt folyik ellene az eljárás.
