Amikor a front 1945 márciusában elérte Győrt, Apor Vilmos arra kérte a német hadvezetést, hogy kíméljék meg a várost, de elutasító választ kapott. Március 28-án, nagyszerdán a harcokban a székesegyház találatot kapott, tornya kiégett, a püspök utoljára nagycsütörtökön, a pincében misézett. Március 30-án, nagypénteken szovjet katonák a Püspökvár óvóhelyéről fiatal nőket akartak „munkára” vinni. A szovjet kapitánnyal tárgyaló Apor Vilmos azt ajánlotta, hogy helyettük férfiak és idős nők menjenek. Az egyre hevesebbé váló vita közben a szovjet tiszt előkapta fegyverét és előbb a mennyezetbe lőtt, majd a püspököt is célba vette, akit három lövedék talált el. A sebesült főpapot a harcok közepette hordágyon vitték a több kilométerre lévő kórházba, ahol a petróleumlámpa fényénél operáló orvos hasüregében nem találta meg a lövedéket. Apor Vilmos hősiesen viselte szenvedéseit, hálát adott Istennek, hogy ilyen nagypénteket adott neki, s mikor megtudta, hogy a nőknek nem esett bajuk, így sóhajtott fel: „Köszönöm a jó Istennek, hogy elfogadta áldozatomat”. Húsvét vasárnap, április 1-jén hashártyagyulladás lépett fel, s másnapra virradóra meghalt, de még megbocsátott gyilkosának.