A marcipán eredetéről a mélyreható kutatások ellenére sem tudunk semmi biztosat. Az ókori perzsák mindenesetre már ismerték a mandulából, mézből, olívaolajból és rózsavízből gyúrt finomságot, amelyet valószínűleg a keresztes lovagokat kísérő kalmárok hoztak el Európába. A 13. századi Itáliában feltűnt „marzapane” minden bizonnyal Keletről érkezett. Kolostorokban is fogyasztották, és Aquinói Szent Tamás (1226–1274) úgy vélekedett, hogy nem töri meg a böjti fogadalmát, aki marcipánt eszik.