A Nemzeti Múzeum közleménye szerint: Fodor István kutatói szemléletmódját alapvetően meghatározták gyökerei, a kengyeli, törökszentmiklósi falusi környezet. A gazdálkodás, a ház körül és a földeken végzett munka, a rokonok és ismerősök történetei visszaemlékezéseinek állandó elemeivé váltak, s megalapozták néprajzi érdeklődését. Egyetemi előadásain soha el nem mulasztotta a népi mesterségekre, hiedelmekre, lakáskultúrára való hivatkozásokat. Büszke volt földből élő őseire, akiknek a sorát a XVII. századig vissza tudta követni. 1967-ben, friss diplomásként került első munkahelyére, a Magyar Nemzeti Múzeum középkori osztályára, ahol Méri István, Kovalovszki Júlia, Parádi Nándor munkásságát egész életében igen nagyra becsülte. Formálisan ugyan nem volt László Gyula tanítványa, életművét azonban mégis félreismerhetetlenül meghatározta a régészeti néprajz módszere és látásmódja. A XIX–XX. század fordulóján Nagy Géza és Posta Béla által elindított, majd Móra Ferenc által folytatott, s László Gyula által kidolgozott és iskolává formált kutatási irányzat az 1960-as évekre meghatározóvá vált a magyarországi népvándorlás kor, honfoglalás kor és Árpád-kor régészeti kutatásában. A Magyar Nemzeti Múzeum középkori osztályán az említett kutatók mellett László Gyula egyik legkiválóbb tanítványa, Dienes István fejlesztette tovább mestere munkamódszerét. Ez a szellemi, alkotói közeg meghatározó volt a pályakezdő Fodor István szemléletmódjának formálódásában.
Őstörténeti szemléletmódjára komoly hatást gyakoroltak a nyelvészeti kutatások, első sorban Hajdú Péter munkássága. Ennek eredményeként jelent meg első könyve (Vázlatok a finnugor őstörténet régészetéből, 1973), a szélesebb köztudatba azonban a ma már hihetetlennek tűnő, 75 ezer példányban kiadott Verecke híres útján… című kötetével (1975, 1980) robbant be. Rövidesen megvédte kandidátusi fokozatát (1982), s sorjáztak komoly szakmai érdeklődést kiváltó tanulmányai: Honfoglaláskori művészetünk iráni kapcsolatainak kérdéséről (1973), Cserépüstjeink származásáról (1975), Altungarn, Bulgarotürken und Ostslawen in Südrussland. (Archäologische Beiträge, 1975), Bolgár–török jövevényszavaink és a régészet (1977), Honfoglaláskori korongjaink származásáról. A versed és tiszasülyi korong (1980), A magyarság baltikumi és skandináviai kapcsolatai a IX–XI. században (a régészeti leletek alapján, 1981), Néhány régészeti észrevétel a kabar-kérdésről(1986), Megjegyzések a középkori magyar lakóház fejlődéstörténetéhez (1989), Leletek Magna Hungáriától Etelközig (1994). 1986-ban elért pályája csúcsára: kinevezték a Magyar Nemzeti Múzeum főigazgatójává.
