Apor Vilmos utolsó püspöki körlevelét 1945. február 14-én, a nagyböjt kezdetén adta ki. Ebben olvashatjuk a következőket. „Hitünk mondja, hogy minden szenvedés, melyet az isteni Gondviselés ránkbocsájt, avagy megenged, valamiképp javát szolgálja annak, aki engedelmes és alázatos szívvel fogadja. Ne kérdezzük tehát nyugtalanul, türelmetlenséggel, szinte lázadozva, hogy miért épp így és épp ránk bocsájtotta a Teremtő ezeket a rettenetes csapásokat, miért kímélt meg másokat, kik talán inkább rászolgáltak, hogy az Örök Bíró sújtó keze rájuk nehezedjék, ne kérdezzük, hanem fogadjuk el az Apostol szavát: »Tudjuk pedig, hogy az Isten közreműködtet mindent azok javára, kik őt szeretik.« Eljön az ideje, talán már ebben a földi életünkben, hogy megértjük ezt az igazságot és százszorosan kárpótol Isten mindenért, amit elvesztettünk és most oly keservesen megsiratunk. A szegénység, amelybe beleestünk szabadabbá és jobbá teszi lelkünket és amint a tűz kiolvasztja az aranyat, úgy hozza felszínre szívünknek sok lappangó értékét és szépségét.”
Az imént idézett sorokkal a második világháború borzalmaira, egyrészt az ország német megszállására és háborús területté válására, másrészt a keleti és a középső országrészben akkor már megindult szovjet megszállásra utalt. Jellemző Apor püspök személyiségére és hivatástudatára, hogy nem nézte jó szemmel, sőt megfeddte azokat a paptestvéreit, akik elmenekültek akár a német, akár a szovjet katonák elől. Úgy vélte ugyanis, hogy a pásztornak soha nem szabad otthagynia a rábízott nyájat. Egykori titkára, Cseh Sándor győri kanonok visszaemlékezéseit Apor Vilmosra és vértanú halálára önálló kötetben jelentette meg. Ebben idézte föl azt az esetet 1944 őszéről, amikor a püspököt meglátogatta egy Erdélyből elmenekült papi csoport, amelynek néhány tagját ismerte, hiszen ő maga is erdélyi származású volt. A papoknak ezt mondta: „Ha a veszélyben egyetlen hívő is otthon marad, a papnak is otthon kell maradnia. Aztán kifejtette – írja egykori titkára –, mégpedig nyomatékos szavakkal, hogy a lelkipásztornak mi a kötelessége. A pásztornak nem szabad elfutni a nyáj mellől, ha jön a farkas.”
Apor Vilmos nem sokkal később valamennyi lelkipásztor számára példát adóan cselekedett akkor, amikor nem futott el, mikor jött a farkas: mégpedig 1945 húsvéti időszakának nagypéntekén, a szovjet megszállók képében.
A győri püspökvár óvóhelyén bujkáló üldözöttek – többségükben nők és gyermekek – tartózkodtak Apor Vilmossal együtt, az ő védelme alatt, amikor szovjet katonák egy csoportja, élükön egy kapitánnyal, megjelent. Rabolni és fosztogatni kezdtek, valamint italt és nőket követeltek. Hallatlan bátorságról és lélekjelenlétről tanúságot téve Apor Vilmos a két karját lefogva parancsnokukat az óvóhelyről kilökte, majd ő is kiment utána, az ajtót pedig becsukta maga mögött. Így szó szerint a saját testével védte a nála menedéket keresőket. Ekkor dördült el az a három lövés, amelyek egyike végül Apor Vilmos mártírhalálához vezetett. Az első golyó kettétört és a jobb karján sebesítette meg a főpásztort. Ennek az volt az oka, hogy Apor olvasáshoz szemüveget használt. A reverendája jobb kézfejrészébe egy kicsi cipzáras zsebet varratott, amelyben egy fémtokban tartotta a szemüvegét. A fémtokot elérve a lövedék kettétört, egyik része meg is maradt a mandzsettában, a másik pedig a szemüveget széttörve apró szilánkos horzsolásokat okozott. A második lövés a fején találta el a püspököt, alulról érkezve a golyó a jobb szemöldöke fölött okozott erősen vérző, de nem súlyos horzsolt sebet. A harmadik golyó azonban a rábízottakat védő főpásztor hasüregébe hatolt. A köldökétől egy-két centiméternyire jobbra fúrta át a hasfalát, átszakítva a vékonybelet, megsebesítve a májat és áthaladva gyomron is. Az őt operáló orvos később megállapította, hogy a gyomra teljesen üres volt, így roncsolás nélkül hatolt át rajta a golyó. Nagypéntek volt ugyanis, Jézus Krisztus földi halálának emléknapja, s aznap Apor – mivel egész életében szigorúan tartotta a böjtöt – csak folyadékot vett magához, egyáltalán nem evett semmit. Három nappal később, 1945. április 2-án, Húsvéthétfő hajnalán belehalt a sérüléseibe.