Tanulmányait Kőszegen a helyi jezsuita gimnáziumban, majd Bécsben a piarista szellemű Löwenburg-konviktusban végezte. Lovak iránti érdeklődése miatt tizenhét évesen önköltséges kadétként belépett egy vértesezredbe, ahol négy év alatt egészen az alhadnagyi rangig vitte, és nem egészen egy évtized leforgása alatt másodkapitánnyá léptették elő. Szolgálatának első pillanatától kezdve szenvedélyes figyelemmel fordult a lovak és a lótenyésztés felé. Kora kiváló lószakértőivel, így például Amadeus Johann Wolsteinnel, a bécsi egyetem tanárával és egyben a királyi állatgyógyintézet igazgatójával fenntartott kapcsolatain túl a környék nagyobb méneseit, elsősorban a Hunyadyak híres ürményi ménesét tanulmányozva számtalan gyakorlati ismerettel gazdagította elméleti tudását. Önéletírásban többször is hangsúlyozza a pótlovazási teendők ellátásában kapott szerepét, szolgálati adatai szerint azonban nem tartozott a pótlovazási parancsnokság alá. A hadseregben töltött ideje alatt mindenesetre az ország különböző részein járt kiküldetésben és személyesen mérte fel a magyarországi lótenyésztés hiányosságait, valamint annak mélyebb okait, majd felvirágoztatásának részletes tervét is kidolgozta.
A korszakban vívott nagy háborúk (hétéves háború 1756–1763, orosz–török háború 1787–1791) következtében birodalmi érdek volt egy ütőképes hadsereg fenntartása, ami elképzelhetetlen volt kiváló teljesítményű lovak tenyésztése és belső forrásból megvalósuló pótlovazás nélkül. A Csekonics József által kidolgozott terv ugyan nem volt teljesen újszerű, hiszen Mária Terézia udvari orvosa, Van Swieten már korábban hasonló ötletet nyújtott be a pótló-kérdés megoldására. A tiszt felterjesztése azonban II. Józsefnél kedvező fogadtatásban részesült, és a javaslatok felülbírálása után az uralkodó 1784 végén elrendelte a mezőhegyesi ménes felállítását. Ki másra is háríthatta volna a gyakorlati kivitelezést, mint magára az ötlet tulajdonosára. Kinevezésében minden bizonnyal közbenjárt gróf Hadik András is, aki ekkor a birodalmi haditanács elnöke volt. Csekonics József huszonegy éven keresztül, tehát 1806-ig – a hadseregből való (első) kilépéséig – vezette a mezőhegyesi birtokot, amely irányítása alatt Európa egyik legnagyobb ménesévé fejlődött. A ménesbirtok 1868-ig kizárólag katonai célú lótenyésztéssel és növénytermesztéssel foglalkozott. Két legfontosabb tenyésztési elve a kitartás és a keménység, azaz a teljesítmény, valamint a megfelelő kancák kiválasztása volt, ez utóbbival messze meghaladta saját korát. Az építkezési munka felügyeletével és a törzsmének beszerzésével foglalatoskodó Csekonicshoz állítólag II. József is ellátogatott, hogy személyesen tekintse meg a megkezdett munkálatokat.
1787-ben egy török ellenes háború fenyegető közelsége miatt az uralkodó Csekonics Józsefet bízta meg a hadsereg élelmezésével, valamint Bécs húsellátásának biztosításával. E küldetését követően őrnaggyá, 1789-ben alezredessé, rá egy évre pedig ezredessé léptették elő, és a Torontál megyei Zsombolyon húsz évre szóló kamarai birtokbérleményt is kapott, amelyet később meg is vásárolt.
1789-ben a Nyugatra hajtott jószágok útvonalában a parancsnoksága alá rendelték – a mezőhegyesi fiókintézeteként – létesített bábolnai ménesbirtokot is, amely 1806-ban önállósodott. 1798-ban rábízták a hadsereg vágómarhával való ellátását, aminek öt éven keresztül a kezdetben megszabott ár emelése nélkül tett eleget. Érdemei elismeréséért I. Ferenc 1799-ben Szent István-renddel tüntette ki. Később szolgált az 1805-ös és 1809-es Napóleon elleni inszurrekcióban is, harcba azonban nem került soha.
1810-ben valószínűleg egészségügyi okokból ismét rangjának megtartása nélkül kilépett a hadseregből és visszavonult zsombolyai birtokára, ahol saját szarvasmarha- és juhtenyészetet, és természetesen ménest alapított, amelyek szintén hírnevet szereztek neki és majd utódainak is, akik fokozatosan áttértek az angol telivér-tenyésztésre és a ménes lovait már a futtatásokban is próbára tették. Az ezredes hosszú évek során szerzett tapasztalatait az 1817-ben németül megjelent „Praktische Grundsätze die Pferdezucht betreffend” (A lótenyésztés gyakorlati alapelvei) című összefoglaló művében tárta nyilvánosság elé. Így munkáját bevégezve, 1824. április 26-án azzal a biztos tudattal térhetett örök nyugalomra, hogy nem csak személyes példájával, de hasznos gyakorlati tanácsaival is elősegíthette a számára oly fontos és egész életét végig kísérő ügyet, a lótenyésztést.
Csekonics József munkájának köszönhetően alakultak meg a mind a mai napig műkődő, a magyar identitás és lovaskultúra részét képző ménesek, a mezőhegyesi, a bábolnai és a kisbéri. Az általa megkezdett tudatos tenyésztői tevékenység folytatásával tenyészthették utódai a három hagyományos mezőhegyesi lófajtát, a nóniuszt, a mezőhegyesi félvért és a gidránt, valamint a bábolnai arab lófajtát, és nem utolsó sorban a kisbéri ménesből kerültek ki azok az anyakancák és mének, amelyeknek a világhírű versenylovakat, Kincsemet és Kisbért is köszönhetjük.
Borítókép: Illusztráció (Fotó: Pexels)