Fassbinder 1945. május 31-én született a bajorországi Bad Wörishofenben, de születési évének mindig 1946-ot adta meg, hogy a náci diktatúra utáni nemzedékhez számíthassa magát. Apja orvos, anyja – aki Lilo Pempeit néven több filmjében szerepelt – fordító-tolmács volt. Hatévesen, szülei válása után megtapasztalta a sehová sem tartozás és a magára hagyatottság szorongató élményét. Hamarosan a „nehezen nevelhető” gyerekek iskolájában találta magát, az elzülléstől a mozi mentette meg. A filmek menekülést jelentettek számára a magány elől és tudásvágyát is kielégítették. Mély hatást gyakoroltak rá korai klasszikus olvasmányélményei, a Dürer- és Michelangelo-albumok, illetve Alfred Döblin: Berlin, Alexanderplatz című regénye.
Fassbinder gyűlölte származását, ezért is festett torzképet a polgárságról filmjeiben, lázadása slampos öltözetében is kifejeződött, homoszexualitását nyíltan vállalta.
Tanulmányait ugyan elvégezte, de az érettségit már nem tette le, a színház világába vetette magát. 1967-ben találkozott filmjei múzsájával, Hanna Schygulla színésznővel, akire több alkotásában is főszerepet osztott. A sikertelen filmfőiskolai felvételi után 1968-ban a brechti színjátszást követő társulatot alapított Antitheater néven. Minden hagyományt felrúgó előadásaik sokszor botrányt keltettek, a konzervatív kritika ócsárolta őket, mások az új nemzedék apostolát látták bennük.