1998 februárjában formálódni kezd a múzeum létrehozása. (Az ötlet Szájer József fideszes politikusé.)
1999. február 24.: A Magyar Köztársaság kormánya 1020/1999. (II. 24.) számú kormányhatározatával létrehozta a Közép- és Kelet-európai Történelem és Társadalom Kutatásáért Közalapítványt (KKTTKK). Az alapító okiratban az alapítás óta szerepel, hogy a közalapítvány célkitűzéseinek érdekében a kuratórium intézetet, ezen belül oktatási központot, múzeumot, szakmai szervezeteket, munkacsoportokat hoz létre, illetve működtet. A múzeum főigazgatójának dr. Schmidt Máriát nevezik ki.
Május 28.: A közalapítványt a Fővárosi Bíróság 13. Pk. 60481/1999/2. sorszámú végzésével, 7526 szám alatt kiemelkedően közhasznú szervezetként veszi nyilvántartásba.
2000. augusztus: Elkészülnek a múzeum előzetes építészeti, belsőépítészeti tanulmánytervei, valamint a történészi koncepció.
Október: Építészek, belsőépítészek, történészek véleményezik az előzetes terveket. A KKTTKK megvásárolja az épületet a Pillér 2 Második Ingatlanbefektetési Alaptól.
December 20.: Az első közbeszerzés kiírása az építészeti rekonstrukcióra. (A pályázat eredményhirdetése: 2001. február 7. A nyertes az Architekton Rt.)
2001. január: Feláll a múzeum kreatív, építészi és történészi alkotógárdája.
Február 5.: A Terézvárosi Polgármesteri Hivatal jegyzője engedélyt ad a múzeum kialakítására az Andrássy út 60. szám alatti épületben. Megkezdődik az építkezés.
Február 22.: A második közbeszerzés kiírása. (Gépészeti munkálatok. Eredményhirdetés március 28-án.)
Április 11.: A harmadik közbeszerzés kiírása. (Kiállítás, installációk kivitelezése. Eredményhirdetés augusztus 1-jén.)
Október 29.: A Terézvárosi Polgármesteri Hivatal jegyzője határozatban megadja az engedélyt a múzeum külső homlokzatának felújítására és a pengefal kialakítására.
December 5.: Megtörténik a múzeum alapítása és nyilvántartásba vétele, működési engedélyének kiadása.
December 22.: A fővárosi önkormányzat megfellebbezi a terézvárosi jegyző határozatát a Fővárosi Közigazgatási Hivatalnál.
2002. január 21.: A Fővárosi Közigazgatási Hivatal megsemmisíti a VI. kerületi jegyző által a pengefalra kiadott elsőfokú építési engedélyt, és új eljárás lefolytatására utasítja a jegyzőt.
Február 13.: A Terror Háza Múzeum, mint a közalapítvány önálló munkaszervezete – az alapító okirat módosítása során – bekerül az alapító okiratba.
Február 22.: Lezárul az építkezés.
Február 24.: A Terror Háza Múzeum hivatalosan is megnyitja kapuit.
Április 30.: A közalapítvány a fővárostól, mint tulajdonostól, hozzájárulást kér a pengefal fennmaradásához.
Május 16.: A Főváros Közgyűlés várostervezési és városképvédelmi bizottsága nem adja meg a tulajdonosi hozzájárulást. Debrecen városának önkormányzata közalapítványt hoz létre – Őrváros-Debrecen szerepe Magyarország XX. Századi Történelmében Közalapítvány – néven.
Május 24.: A még hivatalban lévő Orbán-kormány határozatot hoz a debreceni és a múzeumot működtető közalapítványok egyesítéséről. Ezzel egy időben az alapítók közös kérelemmel éltek a megyei bíróságnál, csatolván az egyesítéssel létrejött közalapítvány alapító okiratát.
Május 31.: A Medgyessy-kormány hatályon kívül helyezte az egyesülésről szóló kormányhatározatot.
Június 4.: A közös kérelmet Kiss Elemér kancelláriaminiszter visszavonja.
Július 31.: A múzeumot működtető közalapítvány fellebbezést nyújt be a fővárosi önkormányzathoz a május 16-i döntés miatt.
Szeptember: Lezárul a kulturális tárca új vezetése által a Budapest Investment Rt.-től megrendelt, a közalapítvány működését és gazdálkodását átvilágító vizsgálata. A vizsgálat semmilyen szabálytalanságot nem mutatott ki.
Október 17.: Ellátogat a Terror Háza Múzeumba Medgyessy Péter miniszterelnök, és pozitívan nyilatkozik a kiállításról.
November 6.: Megvonják a költségvetési támogatást a közalapítvány munkaszervezeteként működő XX. és XXI. Század Intézettől.
December 9.: A főpolgármesteri kabinet nem javasolja a pengefal fennmaradási engedélyét.
December 18.: A parlament elfogadja Pető Ivánnak, az SZDSZ képviselőjének, a parlament kulturális bizottsága elnökének módosító indítványát, amely szerint a múzeum a 2003-as évre 150 millió forinttal kevesebb költségvetési támogatást kapjon.
December 22.: Medgyessy Péter kormányfő bejelenti, hogy a költségvetés általános tartalékából állják majd – a múzeum működtetéséhez szükséges – előzőleg elvont összeget.
2003. január 10.: A kormányülésen 100 millió forint támogatást szavaznak meg a Nemzeti Kulturális Örökség Minisztériumának tartalékalapjából. A tárca az összeg utólagos folyósítását feltételekhez köti. Többek között az alapító okirat megváltoztatásához és általuk felkért új tagok delegálásához a kuratóriumba.
Január 29.: A Főváros Közgyűlés várostervezési és városképvédelmi bizottságának kihelyezett ülése a Terror Háza Múzeumban. A főigazgató három év átmeneti időt kért az épületet keretező pengefal fennmaradására.
Január 30.: Az Országgyűlés társadalmi szervezetek bizottsága ellenőrzési albizottságának kihelyezett ülése a múzeumban. A meghívott kulturális miniszter, Görgey Gábor nem vett részt az eseményen.
Február 11.: Az amerikai nagykövet, Nancy Goodman Brinker látogatása a Terror Háza Múzeumban. A látottakat megrázónak, a jelen és a jövő szempontjából egyaránt tanulságosnak tartja.
Február 19.: A Fővárosi Közgyűlés várostervezési és városképvédelmi bizottsága megadja a pengefal három évre szóló fennmaradási engedélyét.
Február 20.: Budapest főpolgármestere, Demszky Gábor felfüggeszti a bizottság döntését.
A Maribor lekontrázta a Paksot, amely tanult a kolozsvári leckéből
