Az 1990-es önkormányzati választásokat követően a 11. kerület alpolgármesterévé választották, 1992-ben pedig a Fővárosi Közgyűlés tagja lett. 1994-től 2010-ig folyamatosan országgyűlési képviselő volt a budapesti 16. választókerületben szerzett mandátummal. 2002-ben a 11. kerület polgármesterévé választották, majd 2006-ban újraválasztották a tisztségre. 2010-ben a 16-os egyéni választókerületben és a kerületi polgármester-választáson is vereséget szenvedett a most már jogerősen elítélt szocialista politikus.
Újbuda fideszes polgármestere, Hoffmann Tamás szerdán azt közölte az MTI-vel: hét év után beigazolódni látszik, hogy a kerület korábbi szocialista vezetése nyakig benne volt a súlyos károkat okozó korrupciós ügyekben, s ezt a Fővárosi Ítélőtábla döntése is igazolja. Álláspontja szerint a kerületi polgárok jól döntöttek, amikor leváltották a szocialista városvezetést, és a törvényes rendre adták voksukat.
Hoffmann úgy fogalmazott: sajnálattal látják, hogy a baloldalon semmi sem változott, Molnár Gyula a mai napig a szocialista párt politikusa, „elképesztő módon” a Fővárosi Közgyűlés bűnmegelőzési és közbiztonsági bizottságának tagja, aki mögött a másodfokú ítélet ellenére is „összezár a bukott baloldal”.
„Az elsőfokú bíróság egyéves tárgyalási folyamat végén nyilvánvalóvá tette, hogy a vádban megfogalmazott és a sajtóban ehhez hozzátett állítások nem feleltek meg a valóságnak, az ügyészség állítása megalapozatlan, a vádiratban foglaltak nem állják meg a helyüket, semmilyen vagyoni kár nem keletkezett, a folyamat minden egyes lépése törvényes volt” – írja blogbejegyzésében a volt kerületvezető, hozzátéve: a másodfokú bíróság ennek ellenére változtatta meg a döntést.
Molnár az Énvárosom blogon azt is kifogásolja, hogy a másodfokú eljárásban csupán egy általa 2003-ban elbocsátott egykori munkatársát hallgatták meg tanúként, „aki a vád tárgyát képező 2006-os ügyről semmilyen információval nem tudott szolgálni”. A politikus szerint az ügyben kijelölt bíró vetette fel a vád megváltoztatását az ügyész helyett. „Mintha ebben a korántsem vicces helyzetben A tanu című film jelenete elevenedne meg, amikor az ügyvéd kér súlyosabb ítéletet a védencére” – írta.
