A Bunge üzletfilozófiája egyébként a GMO terén szöges ellentétben áll a magyar kormány törekvéseivel, vagyis a genetikailag módosított termékekkel szemben megfogalmazott zéró toleranciával. Köztudott, Magyarország a GMO tiltását az alaptörvényben is megfogalmazta. A Bunge azonban, amely magvak felvásárlásával, eladásával, szállításával és feldolgozásával foglalkozik, bevételének jelentős részét génmódosított és génmódosításmentes szója feldolgozásból szerzi. 2004-ben a Greenpeace is aggodalmát fejezte ki a vállalkozás gyakorlata miatt.
Korábban beszámoltak arról, hogy felkeresték a cég európai üzemét, és arra a következtetésre jutottak, noha a Bunge-nak meglenne a lehetősége és képessége arra, hogy üzemeiket GMO-mentessé tegyék, az ehhez szükséges akarat hiányzik. Egy évvel korábban a környezetvédő szervezet munkatársai Brazíliában találtak olyan, a cég által forgalmazott GMO-t tartalmazó tápszert, amelynek csomagolásán nem volt feltüntetve, hogy genetikailag módosított terméket tartalmaz. A Bunge egyike azon négy cégnek, amely a világon a legnagyobb befolyást gyakorolja az élelmeszeriparra, s erős lobbitevékenységet folytat. Ennek egyik jele volt, amikor 2013-ban az igazgatótanácsba bevették Carol Brownert, az Obama-adminisztráció korábbi vezető energiaügyi és környezeti tanácsadóját. Browner egyébként az Amerikai Környezetvédelmi Hivatalt is vezette Bill Clinton mindkét mandátuma alatt. A Bunge 2013-ban június 30-val végződő második negyedévi bevételeként 110 millió dollárról számolt be, amely egy évvel korábban ugyanebben az időszakban még 265 millió dollár volt. A Reuters szerint Browner szerződtetése a bevétel fokozásának egyértelmű szándékával történt.
