A szakemberek azonban óvatosságra intenek, hiszen a gyógyszer mellékhatásairól szóló ismereteink egyelőre nem túl részletesek, hiszen a készítmény alig néhány éve került a piacra. A beszámolók szerint a rövid távú mellékhatások között hányás, hasmenés szerepelnek, ám a gyógyszer használóinak többségét ez nem tántorítja el. A szer hosszú távú alkalmazásáról, indokolatlan szedéséről és annak hatásáról egyelőre nem sokat tudunk. Egyes kutatások és állatkísérletek szerint, a szemaglutid növelheti egy ritka hasnyálmirigy-gyulladás vagy a pajzsmirigyrák kockázatát, az embereken végzett vizsgálatok ezt azonban nem erősítették meg.
