Miközben a magyar tudományos élet szerkezeti és tartalmi megújulása zajlik, egyes akadémiai körök továbbra is ellenállást tanúsítanak a változásokkal szemben. A kritikusok között szerepel Radnóti Sándor esztéta, valamint az Akadémiai Dolgozók Fóruma (ADF). A kritikusok szerint a HUN-REN aláásná a tudományos autonómiát.
A HUN-REN (Magyar Kutatási Hálózat) megalakulása óta több szakmai és közéleti vita középpontjába került. A szervezet célja a korábbi, Magyar Tudományos Akadémiához tartozó kutatóintézeti hálózat korszerűsítése, hatékonyabb és átláthatóbb működésének biztosítása, valamint a nemzetstratégiai célokhoz igazított és a szabad témavalasztást is biztosító kutatási tevékenység támogatása.
A reformfolyamat azonban nem találkozott egyöntetű támogatással. Az Akadémiai Dolgozók Fóruma, valamint több, az ADF-hez közel álló akadémiai tag, köztük Radnóti Sándor élesen bírálta az átalakításokat. Radnóti több alkalommal nyilvánosan is úgy fogalmazott: a HUN-REN felállítása „a tudományos autonómia felszámolásának egyik állomása”.
Radnóti Sándor reformokkal kapcsolatos ellenérzéseinek egyik oka lehet, hogy az esztéta az Akadémián belül különösen nagy beágyazottsággal rendelkezik.
Ezt mutatták meg a korábban, lapunk által nyilvánosságra hozott információk, amelyekből kiderült, hogy hat pályaművel összesen csaknem félmilliárd forinthoz jutott hozzá a Gyurcsány-kormány idején a Radnóti Sándor, Heller Ágnes, Vajda Mihály, Gábor György és Geréby György alkotta filozófusi kör. A Magyar Bálint akkori oktatási miniszter által létrehozott és felügyelt NKTH pályázatain 2004-ben és 2005-ben Boda Miklós elnöklése alatt olyan, filozófusok által beadott pályázatok nyertek, amelyeket tartalmi okok miatt azonnal vissza kellett volna utasítani, mert „témájuk köszönő viszonyban sem volt a pályázati kiírással”, „az elnyert összegek pedig irreálisan magasak a feladat súlyához képest”.
A filozófus később a lapunk által leírtakat támadásként értékelte és pert indított a Magyar Nemzet ellen, amelyet az esztéta elvesztett. A másodfokon eljáró bíróság szóbeli indoklása szerint ugyanis Radnóti véleményeket és sugallatokat sérelmezett, nem pedig valótlan tényállításokat, a helyreigazítási perben azonban csak utóbbiakért lehet elégtételt venni.