A fennmaradt írott források alapján úgy tűnik, hogy az állítólagosan hűtlen királyné gyónási titkához kötődő történetét csak halála után 40 évvel jegyezték fel, amellyel így a gyónási titok mártírja lett. E történet mellett megemlítendő, hogy halálbüntetésének oka a mai napig nem teljesen tisztázott, ugyanis kivégzésének indítéka lehetett egyházpolitikai működése is. A prágai érsek és Vencel között ugyanis hatalompolitikai viszály alakult ki, amelynek végül Nepomuki Szent János vált áldozatává. Holttestét Vencel király el akarta tüntetni, de azt hamarosan megtalálták, és a prágai Szent Vitus-székesegyházban helyezték örök nyugalomra, ahol már kultuszának kezdetétől (a 16-17. századtól) rendkívüli eseményeket észleltek. A sírhely megválasztása gyakorlatilag nyílt sértés volt a királlyal szemben, aki mindenféle jogalap nélkül végezte ki Jánost az illetékes egyházi bíróság megkerülésével. A korban a vízbe fojtás megszokott eljárásnak számított a bűnös egyházi személyekkel szemben. Tisztelete már körülbelül 300 évvel a szentté avatása előtt megkezdődhetett, személye kezdetben az egyházi és a világi hatalom között kialakult csehországi viszály egyik fontos jelképe lehetett. A 17. század folyamán János alakjában a csehországi vallásháborúk után a jezsuiták a papság misztériumát és a gyónás szentségét akarták dicsőíteni, ellensúlyozni a Husz János nevével fémjelzett eretnek hagyományokat, valamint erősíteni a csehek, de a Habsburg birodalom más népeinek tradíciótiszteletét és dinasztikus hűségét is. Végül a cseh ellenreformáció avatta őt a katolikus Európa egyik legkedveltebb szentjévé. Szentté avatásának (1729) egyik döntő bizonyítékául tetemének feltárása idején előkerült nyelve szolgált, amely a sír kinyitásakor ép volt és rózsaszínű, és amit azóta is ereklyeként tisztelnek, és gyakorta ábrázolnak. Magyarországon a tiszteletére jezsuita vezetés alatt álló jámbor társulatok alakultak a 18. században (pl. Kőszegen, Győrött, Kalocsán, Temesváron), amelyek fő kötelességei az emberek jó hírének tisztelete és védelmezése, valamint a pletyka és a rágalom elleni küzdelem voltak.
