Több érdekesség is köthető a nevéhez: akárcsak később nevelt fia, II. Rákóczi Ferenc, életét az Oszmán Birodalomban fejezte be.
1682-ben az oszmánok által elismert Orta Madzsar ura lett, így a Magyar Királyság rövid időre négy részre szakadt, tekintve, hogy Partium (a részek) nem volt külön állam. Apja, Thököly II. István részt vett a Wesselényi-féle rendi mozgalomban, anyagilag támogatta azt és bukását is annak köszönhette.
István 1670. évi halála után, a család feje a 13 éves Imre lett. A család a megaláztatáson túl 3,5 millió Ft értékű kincset is vesztett, amelyet I. Lipót császár (1657–1703) hívei Bécsbe szállíttattak.
Amikor 1670 végén a császáriak elérték a család felvidéki birtokait, Imrének álruhában kellett menekülnie először Likava várába, majd Erdélybe, ahol anyja révén a család fontos birtokokkal rendelkezett. Ez fordulópontot jelent a 13 éves ifjú életében […]” Innen datálódik az az interneten is szinte minden Thököly Imréről megjelent cikkben idézett szaktörténészi megállapítás, amely szerint Imre „engesztelhetetlen gyűlöletet érzett az ausztriai ház iránt.
Persze Thököly Imre nem volt egyedül ezzel a szinte „genetikusan kódolt” vagy éppen a Habsburgokkal kapcsolatos „szerencsétlen találkozás” hatására kialakult Habsburg-ellenességgel. Ez volt Bocskai István, Bethlen Gábor vagy éppen II. Rákóczi Ferenc sorsa is.
Utóbbinál a leglátványosabb ez, hiszen nevelőapja éppen Thököly Imre volt, édesapja pedig I. Rákóczi Ferenc, aki szintén részt vett a Wesselényi-féle mozgalomban. Ferenc édesanyja és egyben Thököly Imre felesége a hős várvédő Zrínyi Ilona volt, Zrínyi IV. Péter horvát bán lánya. Utóbbi maga is költő volt, Zrínyi VII. Miklós (1621–1664) testvére és a Wesselényi-féle mozgalom egyik fő szervezője. A családi-rokoni összefonódások és az úgymond mentális Habsburg-ellenes beállítódás látványosak. Nem véletlenül alakult ki egy olyan hazai történeti narratíva, amely egy sorra fűzte fel a 17. századi hazai Habsburg-ellenes mozgalmakat (Bocskai, Bethlen, Thököly, Rákóczi).
A Habsburg uralom ellen már 1672-ben szerveződött egy bujdosó mozgalom, amely magát sosem nevezte kurucnak (a szó eredete vitatott). Ez azonban csak 1678-tól kezdett komoly eredményeket elérni, amikor élére az akkor 21 éves Imre került.
„Thököly politikája Benczédi László szerint két tényezőn nyugodott: egyrészt segítette az Erdélyben lévő birtokállománya, másrészt pedig az elbocsátott végvári katonákból összetevődő vitézlő rend, a kuruc katonaság legképzettebb része. Az előbbit nagyban növelte az 1682. június 15-én az özvegy Zrínyi Ilonával. Munkácson megtartott esküvő, mely a Rákóczi-birtokokhoz való jutást jelentette. ’Már a kortársak előtt sem volt titok, hogy a frigy politikai házasság volt, bár [...] egymás iránti ragaszkodásuknak számos példáját ismerjük.’ A bécsi udvar a kuruc mozgalom sikere, a magyarországi politika tarthatatlansága, illetve a várható török támadás miatt átértékelte a magyar rendekkel szembeni politikáját, s engedményeket tett.”