Ahhoz, hogy a Magyar Tudományos Akadémia (MTA) intézetei kapcsán kialakult vitát világosabban értsük, a második világháborút követő évekig kell visszatekintenünk, hiszen maga a szisztéma akkor alakult ki, s ezzel teremtődtek meg a mennyiségi bővülés feltételei.
Az 1945 tavaszán az újjászerveződés útján elinduló intézménynek három osztálya volt. A nyelv- és irodalomtudományi, a történettudományi mellett a természettudományok egyetlen osztályba, a harmadikba tömörültek. Ez az osztályszerkezet nyilvánvalóan nem biztosított elég teret a rohamosan fejlődő természettudományoknak. A helyzet megváltoztatása érdekében sokan tevékenykedtek, többek között a Hitler-ellenes és (akkor még) szovjetbarát, Nobel-díja miatt is hatalmas tekintélynek örvendő Szent-Györgyi Albert is.
Az 1945. április 26-ra összehívott közgyűlésen kirúgták az Akadémiáról József főherceget, Hóman Bálint történészt, egykori kultuszminisztert és Orsós Ferenc biológust. Szent-Györgyi felszólalásában azt indítványozta sikertelenül, hogy a harminc legjobb tag kivételével (osztályonként tíz) mindenki mondjon le, az újakra pedig a „harmincak” tegyenek javaslatot. 1945 júniusában Szent-Györgyi egy akadémiai delegáció tagjaként a Szovjetunióba utazott, ahol megismerte a szovjet tudományos akadémia szervezetét és működését, ami elnyerhette a tetszését. Küzdelmek, sértegetések és feljelentések után 1946-ban négy osztályra bővült az MTA, az (mai terminológiával) élettelen természettudományi III. osztály mellett létrejött a negyedik, az élő (biológia, orvostudomány).
Érdemes egy rövid pillantást vetnünk a szegedi egyetem két professzora közötti, 1945 decemberében zajlott vitára. Nagyon röviden: Szent-Györgyi szovjet mintára képzelte el az Akadémiát, ahol a tudomány élvonalába tartozónak tekintett kutatók főállásban tevékenykednek, vezető politikusokat megillető körülmények és anyagi feltételek mellett. Ugyan az oktatás követelménye alól mentesítették őket, de saját területükön dolgozniuk kellett az ötéves terv megvalósításán.