Az incidenst maga a cég ismerte el, mielőtt a New York-i technológiai tőzsdére (Nasdaq) vitte volna részvényeit. Az akkor megjelentetett írásban más „érdekességek” is voltak az Oroszországban üzemelő cégeket sújtó helyi jogi környezet működéséről. A cég szabályosan figyelmeztette leendő befektetőit azokra a kockázatokra, amelyek egy orosz cégbe invesztálókra leselkednek. Az orosz jogrendszerről azt írták, hogy abban „ellentmondások vannak a törvények között”, továbbá előfordul „a törvények szelektív alkalmazása, időnként oly módon, hogy azt politikai vagy pénzügyi motiváltságúnak lehet érzékelni”, és „az igazságszolgáltatás érzékelhetően nem független a politikai, társadalmi és pénzügyi erőktől”. Noha azt gondolhatnánk, hogy e jó tanácsok minden épeszű embert elriasztanak a cégbe való invesztálástól, nem ez történt, a Yandexnek 2015-ben már 60 milliárd rubel (310 milliárd forint) volt a forgalma. A BBC-nek nyilatkozó egyik elemző azt mondta, hogy e figyelmeztetések senkit nem leptek meg, aki Oroszországgal kezd üzletelni, e dolgokat már természetesnek veszi.
Három évvel ezelőtt Putyin elnök kissé megharagudott a Yandexre, és azt mondta egy beszédében, hogy az internet a CIA találmánya, a Yandexben pedig túl sok a külföldi befolyás. Mint elmondta, írja a New Yorker, nem volt kedvére való, hogy a céget Hollandiában jegyezték be „adózási és egyéb okokból”. Azt is hozzátette, hogy a Yandexet a nyugati tőzsdei bevetés előtt „arra kényszerítették” rejtélyes idegen erők, hogy meghatározott mennyiségű amerikait és európait ültessen az igazgatótanácsába. A cég részvényei azonnal öt százalékot estek a Nasdaq-on, és ők megértették az üzenetet. Röviddel utána bevezették a részvényeiket a moszkvai tőzsdére is – tudósított a Reuters, mint Arkagyij Volozs vezérigazgató akkor elmondta: „Itt [Oroszországban] van a szervereink többsége, itt fizetünk adót, és most már itt is kereskedünk a részvényeinkkel.” Ez akár egy hűségnyilatkozatként is felfogható a cégtől, amelynek a Nasdaq-on keresztül jelentős része van nyugati tulajdonban. A cég, írja a Bloomberg, az elnöki vádak súlyosságához képest igen óvatos és békés hangnemben cáfolta azt, hogy bárki is kényszerítette volna őket arra, hogy kiket ültessenek az igazgatótanácsba, vagy hogy Hollandiában regisztráltassák magukat (ami szerintük teljesen természetes gyakorlat egy IT startup cégnél).
A Putyintól érkezett feddés után nem egészen két héttel új igazgatósági tag kinevezését érezte szükségesnek a Yandex, és választásuk az állami Szberbank vezérigazgatójára esett. A döntést azzal indokolták, hogy az internetes cégek egyre szigorúbb orosz szabályozása miatt szükség volt valakire, aki hatékonyabban képes lobbizni a Yandex érdekében. A moszkvai tőzsdére való bevezetés gyakorlati szempontból is hasznos lehetett a Yandexnek. A Krím annektálása miatt akkoriban az Egyesült Államok kereskedelmi szankciókat vezetett be egyes orosz vállalatokkal szemben, és nem lehetett tudni, hogy a jövőben milyen egyéb korlátozásokat léptetnek még életbe. A Yandex a moszkvai részvény-kereskedelem beindításával diverzifikálni tudta papírjainak forgását a globális részvénypiacon, ami növelhette a cég stabilitását.
Tavaly Jevgenyij Prigozsin milliárdos vállalkozó, aki számos éttermet üzemeltet Moszkvában és Szentpétervárott (és Putyin „személyes séfjeként” tartják számon, aki rendszeresen szolgál fel ételeket az elnöknek a Kremlben) beperelte a Yandexet, mert az nem volt hajlandó eltávolítani a keresője találatai közül néhány, Prigozsint kellemetlenül érintő oldalt, számol be a Moscow Times. Ha beírta valaki a Yandex keresőjébe Prigozsin nevét, jellemzően a Forbes és a Novaja Gazetta lapok által üzleti érdekeltségeiről írt oknyomozó riportokkal találhatta magát szemközt, illetve olyan blogokkal, amelyek nyíltan volt elítéltnek nevezik őt. Úgy tűnik, ebben az esetben a Yandex nem hajolt meg egy egyértelműen Kreml-közelinek tekinthető üzletember akarata előtt.
A Yandexet nem először érik kritikák amiatt, hogy a kelleténél kíváncsibb a személyes adatokra. Saját böngészőjének alfa változata (amely az első kiadott próbaverzió szokott lenni) alapbeállításként elküldte a cégnek a felhasználók által felkeresett oldalak listáját olvasható a PCWorld-ön. Ezt a nyugati negatív visszajelzések hatására a következő verzióból kivették, de sokan továbbra is óvakodnak a böngésző használatától.