A kommunistáktól már jól ismert módszerrel, szalámitaktikával kerítette hatalmába egy szűk, baloldali, kormány- és reformellenes csoport a Magyar Tudományos Akadémiát (MTA). A szűk kisebbséget alkotó, alig pár emberből álló csoport az utóbbi években elfoglalta az intézmény kulcspozícióit, ahonnan hangadóként, a Magyar Tudományos Akadémia véleményének állítják be a saját politikai meggyőződésüket.
Az MTA minden vezető testületében találunk ugyanis olyan szereplőt, aki a reformok ellen ágált az elmúlt években.
Erre tökéletes példa az Akadémia felügyelő festülete, amelynek egyik meghatározó tagja Mihályi Péter, az MTA levelező tagja, aki nyíltan és ismétlődően kritizálja a kormány gazdaságpolitikáját, az egészségügyet, sőt még az ország uniós tagságának kérdéseit is politikai síkra terelve tárgyalja. Mihályi a gazdasági rendszer működését torz kapitalizmusként írta le, és az állami vagyont újraosztó rezsimként jellemezte az Orbán-kormány működését.
Közéleti megszólalásaiban gyakran politizál, és így a tudományos függetlenség álarca mögött valójában politikai véleményformáló szerepet tölt be.
A jelölőbizottság több tagja, többek között Pálné Kovács Ilona és Romsics Ignác is szintén rendszeresen megfogalmaznak a kormányzattal szembeni kritikákat, különösen a decentralizáció és a kutatásirányítás kérdéseiben. A tudományos autonómia védelmének hangoztatása sok esetben pedig már nem tudományos vita, hanem a politikai állásfoglalás formáját ölti.